Captain Jean-Luc Picard bekommt den diplomatischen Auftrag, mit den Romulanern Frieden zu schließen. Doch auf dem fremden Planeten angekommen sieht er sich mit seinem bösen, um 30 Jahre jüngeren Klon Shinzon konfrontiert, der sich vom Arbeitssklaven zum Anführer des Kriegervolks emporgeschwungen hat. Shinzon benötigt zum Überleben eine Gen-Transplantation von Picard, ehe er mit einer Waffe von gigantischer Zerstörungskraft daran gehen kann, alles Leben auf der Erde zu vernichten und die Föderation zu zerstören.

Die Ausreißerin Rogue, die aufgrund ihrer wachsenden Mutantenkräfte, nämlich die Fähigkeit, durch Berührung die Persönlichkeiten, Erinnerungen und Kräfte anderer Menschen kurzzeitig zu absorbieren, von zu Hause weggelaufen ist, trifft bei ihrer Flucht in Kanada auf den Einzelgänger Logan, der geschärfte Sinne und die Fähigkeit besitzt, eigene Verletzungen in Sekunden zu heilen. Dazu ist sein Skelett vollständig mit einem schier unzerstörbarem Metall (Adamantium) überzogen und mit sechs ausfahrbaren Klauen bewaffnet; Logan kann sich aber nicht erinnern, wann und wo sein Skelett derart behandelt worden ist, noch hat er irgendeine Erinnerung an seine eigene Vergangenheit.

Sie sind das nächste Glied in der Evolutionskette. Jeder von ihnen kam mit einer einzigartigen genetischen Mutation auf die Welt, jeder mit einer anderen außergewöhnlichen Fähigkeit, die sich erstmals in der Jugend zeigt.In einer zunehmend von Vorurteilen und Hass beherrschten Welt interessieren sie jedoch nur als wissenschaftliche Kuriositäten ... als Launen der Natur ... als Ausgestoßene, gefürchtet und verachtet, weil Andersartigkeit nicht akzeptiert wird.Trotz der weit verbreiteten Ignoranz der Gesellschaft schaffen es die X-Men, und mit ihnen weltweit Tausende anderer Mutanten zu überleben. Unter den Fittichen des mächtigsten Telepathen der Welt, Professor Charles Xavier, lernen diese "begabten" Studenten, ihre Kräfte zu kontrollieren und sie zum Vorteil der Menschheit einzusetzen. Sie kämpfen für den Schutz einer Welt, die sie fürchtet.