New York, 1964. An einer katholischen Klosterschule reibt sich der Liberalismus von Pater Flynn mit der Strenge der Leiterin, Schwester Aloysius. Zur Explosion kommt der Konflikt um Glauben, Macht und Autorität, als Aloysius aus der harmlosen Beobachtung einer jungen Schwester einen schweren Vorwurf macht. Hat Flynn in der Zuneigung zu einem Schüler oder seine Kontrahentin in der Reaktion darauf Grenzen überschritten? Mit der Beschuldigung wird eine Kette von Ereignissen ausgelöst, an der Existenzen zerbrechen.

Der brutale Bostoner Mafiaboss Frank Costello hat es geschafft, mit Colin Sullivan einen seiner treuesten Männer bei der städtischen Polizei einzuschleusen, um stets auf dem Laufenden über die geplanten Aktivitäten der Cops zu bleiben. Und weil die Taktik, den Gegner mit Hilfe eines Maulwurfs auszuspionieren, zwar alt aber effektiv ist, hatten auch Polizeichef Queenan und Sergeant Digman diese Idee. Ihr Undercover-Ermittler Billy Costigan hat sich schnell zu einem der engsten Vertrauten von Pate Costello hochgearbeitet. Als sowohl die Mafia als auch das Police-Department erfahren, dass sich ein Falschspieler in ihren Reihen befindet, ohne aber dessen Identität zu kennen, müssen Sullivan und Costigan alles daran setzen, dass der jeweils andere zuerst auffliegt, um somit ihre eigene Tarnung aufrecht erhalten zu können.