An ihrem Hochzeitstag wird Susan Murphy, die ein ganz normales Leben in Kalifornien führt, von einem Meteor und dessen glibberigem Weltraumschleim getroffen. Dadurch wächst sie auf eine Körpergröße von 15 Metern und wird umgehend vom Militär verhaftet. Auf einem abgelegenen Sicherheitsgelände lebt sie fortan als "Monster" zusammen mit vielen weiteren seltsamen Gestalten. Als die Erde jedoch von Außerirdischen attackiert wird, gibt es nur Möglichkeit die Welt zu retten: Susan muss zusammen mit den anderen Mutanten gegen die Aliens kämpfen.

In ihrem neuen Abenteuer möchten Alex, Marty, Melman und Gloria die Insel Madagaskar, wo sie nach einer längeren Odyssee gestrandet waren, verlassen, und wieder zurück "nach Hause" in den Zoo im New Yorker Central Park. Die Pinguine machen ein altes Flugzeugwrack wieder flott und die Heimreise kann beginnen. Auch mit an Bord gehen die Schimpansen Mason und Phil sowie King Julien und sein Privatsekretär Maurice. Es glückt zwar der Start des mit Klebeband geflickten Flugzeugs, aber weiter als bis nach Afrika schaffen sie es nicht und landen mit einem harten Aufprall mitten in der Steppe. Alex und seine Freunde treffen diesmal nicht nur auf Artgenossen, sondern sogar auf die eigene Familie und geraten mitten in ein neues turbulent-witziges Abenteuer ...

Der kleine Pandabär Po macht in China eine Ausbildung zum Nudelsuppen-Meister. Doch in Wirklichkeit möchte er viel lieber ein berühmter und starker Kung-Fu Kämpfer werden, obwohl sein pummeliges Äußeres und seine Naschsucht vehement dagegen sprechen. Doch Po hat Glück: Eine Prophezeiung sieht vor, dass ein kleiner Bär gegen den gefürchteten Schneeleoparden Tai Lung antreten muss, um das Tal des Friedens zu retten. Es liegt nun an Master Shifu und den fünf Kung-Fu Meistern Tigerin, Kranich, Gottesanbeterin, Viper und Affe den pfundigen Bären zum starken Krieger zu machen.