Kein Abschiedsbrief, kein Hinweis auf eine Entführung, keine Vorwarnung: Von einem Tag auf den anderen verschwand Davids Freundin spurlos aus seinem Leben. Gerade als David dabei ist, nach über einem Jahr die erfolglose Suche nach Claire aufzugeben, stößt er zufällig auf eine neue Fährte. Alle Hinweise deuten darauf hin, dass Claire nicht die Person war, die sie zu sein schien. Die frische Spur bringt ihn allerdings nicht nur ein Stück näher an Claire, sondern ruft auch gefährliche und gewaltbereite Fremde auf den Plan, die mit der Vermissten anscheinend eine offene Rechnung zu begleichen haben ...

Agent Peggy Carter arbeitet bei der geheimen Organisation SSR (Strategic Scientific Reserve). Die Handlung beginnt im Jahre 1946, ein Jahr nach Ende des Zweiten Weltkrieges und dem Sieg über Red Skull (Handlung des Filmes Captain America: The First Avenger). Die Soldaten kehren wieder aus Übersee zurück und übernehmen ihre alten Positionen. Dadurch fühlt sich Agent Carter zurückgesetzt, weil ihr als Frau nur noch anspruchslose Verwaltungsaufgaben zugetraut werden. Privat muss sie den Verlust ihres Freundes Steve Rogers, Captain America, bewältigen und sich mit dem Leben als alleinstehende Frau in New York City zu arrangieren. Zugleich wird sie von Howard Stark für Geheimaufträge eingesetzt. Unbekannte entwendeten von ihm geheimgehaltene, extrem gefährliche Erfindungen und Pläne, die er nicht freigeben wollte. Da die US-Regierung und das SSR Stark des Hochverrates verdächtigen, taucht dieser ab und beauftragt Agent Carter, die Täter zu suchen und die Erfindungen zurück zu holen. Dabei muss sie unerkannt und zum Teil gegen ihre Kollegen vom SSR vorgehen. Ihre einzige Hilfe dabei ist Starks Butler Edwin Jarvis.