Eine Gruppe von Studenten verbringt auf Einladung des vordergründig charmanten Geisteswissenschaftlers Prof. Oldman ein Wochenende in einer berühmt-berüchtigten Spukvilla namens "Hell House", um ein paar nicht genauer definierte Schlafexperimente durchzuführen. Natürlich führt der suspekte Oldman alles andere als seriöse Wissenschaft im Schilde, wenn er seine Schutzbefohlenen einem groben Poltergeist und seinen dämonischen Heerscharen sozusagen auf dem Silbertablett serviert.

Endlich Sommerferien! Die Pearson-Kids sind allerdings wenig begeistert, denn die Aussicht auf einen langweiligen Familienurlaub im idyllischen Ferienhaus senkt die Laune gewaltig. Als die Kinder auf dem Dachboden des Anwesens jedoch die kleinen außerirdischen Noobs entdecken, ist Schluss mit Langeweile.

In ihrem neuen Abenteuer möchten Alex, Marty, Melman und Gloria die Insel Madagaskar, wo sie nach einer längeren Odyssee gestrandet waren, verlassen, und wieder zurück "nach Hause" in den Zoo im New Yorker Central Park. Die Pinguine machen ein altes Flugzeugwrack wieder flott und die Heimreise kann beginnen. Auch mit an Bord gehen die Schimpansen Mason und Phil sowie King Julien und sein Privatsekretär Maurice. Es glückt zwar der Start des mit Klebeband geflickten Flugzeugs, aber weiter als bis nach Afrika schaffen sie es nicht und landen mit einem harten Aufprall mitten in der Steppe. Alex und seine Freunde treffen diesmal nicht nur auf Artgenossen, sondern sogar auf die eigene Familie und geraten mitten in ein neues turbulent-witziges Abenteuer ...

Es ist 1976 und einzig seine kometenhafte Karriere ist noch sexier als Jackie Moon selbst. Der Besitzer, Trainer und Starspieler des Basketball-Teams 'Flint Tropics' - von seiner unwiderstehlichen Stimme in der Hit-Single 'Love me sexy' ganz zu schweigen - ist auf dem Höhepunkt angekommen. Doch plötzlich droht den Tropics durch eine Fusion ihrer Liga mit der NBA das Aus. Jackie schwört, ordentlich Feuer zu machen und sein Team zum Sieg zu führen. Und schon befinden wir uns mitten in einem der verrücktesten Basketballfilme aller Zeiten...

Der eingebildete Löwe Alex, das vorlaute Zebra Marty, die ständig panische Giraffe Melman und die divenhafte Nilpferd-Dame Gloria sind die absoluten Stars im Zoo des New Yorker Central-Park. Doch Marty ist traurig: Zu sehr beschäftigt ihn der Gedanke an die Freiheit. Und als er eines Tages zufällig hinter den Fluchtversuch einiger Pinguine kommt, ist er kurz darauf verschwunden. Als sich alle vier Freunde nach einer tierisch rasanten Flucht durch das New Yorker U-Bahn-Netz, in Kisten verpackt auf einem Schiff wiederfinden, sind sie Martys Wunsch "Zurück in die Wildnis" unfreiwillig näher, als sie glauben: Vor der Küste der Insel Madagascar gehen sie erst über Bord, um gestrandet aus erster Hand zu erfahren, wie sich das wilde, neue Leben anfühlt.