Toller (Ethan Hawke) war ehemals Pfarrer beim US-Militär. Er hat mit dem Tod seines Sohnes zu kämpfen, den er ermutigte, in die Armee zu gehen. Zwischen dem Geistlichen und Mary (Amanda Seyfried), einer trauernden Witwe, entwickelt sich eine zarte Freundschaft. Marys verstorbener Gatte war Umwelt-Aktivist und gemeinsam stellen Toller und Mary fest, dass die Kirche des Priesters mit skrupellosen Firmen unter eine Decke steckt.

Ein lautes Brüllen, schwere Schritte, die die Erde erschüttern lassen: Godzilla, eine nach französischen Atomversuchen zum Monster mutierte Echse, hält Einzug in New York und hinterläßt eine Spur unvorstellbarer Verwüstung. Das Militär ist machtlos gegen die Urgewalt des übermächtigen Gegners, selbst Raketen perlen an Godzilla ab wie Wassertropfen. Während die unverzagte Schlacht gegen die todbringende Kreatur immer wütender entbrennt, machen der Biologe Nick und der französische Geheimagent Roache die furchterregende Entdeckung, daß Godzilla Manhattan nicht zufällig angesteuert hat. Hinter seiner Wut lauert eine viel größere Gefahr. Eine Gefahr, die das Ende der Welt bedeutet, wenn nicht sofort gehandelt wird.