Nachdem Ellen Ripley, die kleine Newt, Soldat Hicks und der Android Bishop von LV 426 entkommen sind und sich mit dem Raumschiff USS Sulaco auf dem Rückweg zur Erde befinden, bricht wegen des säurehaltigen Blutes eines Facehuggers ("Gesichtsumklammerer") auf einem Zwischendeck ein Feuer aus. Eine Rettungskapsel wird abgesprengt und macht auf dem Planeten Fiorina "Fury" 161, auf dem sich nur eine Strafkolonie befindet, eine Bruchlandung. Corporal Hicks und Newt sterben bei dem Aufprall bzw. durch Ertrinken, der Android Bishop ist nicht mehr funktionsfähig. Neben Ripley überlebt die Landung nur ein Facehugger, der sich in einem Rottweiler schnell einen neuen Wirt sucht. Das kurz darauf neugeborene Alien beginnt bald die Strafgefangenen zu dezimieren.

Laras vor Jahren verstorbener Vater macht in einer Nacht, in der eine ungewöhnliche Sternenkonstellation eine bevorstehende absolute Sonnenfinsternis ankündigt, auf sich aufmerksam. Die aus dem Schlaf gerissene Lara findet eine Uhr, die eine verschlüsselte Nachricht ihres Vaters enthält: Vor Tausenden von Jahren sei ein Himmelskörper auf der Erde eingeschlagen, in dem die Menschen eine mysteriöse, kristalline Substanz gefunden hätten. Geformt zu einem allsehenden Auge verlieh sie überirdische Macht. Aufgrund der daraus entstehenden Gefahr ließ ein Priester das Auge teilen und versteckte die beiden Teile an geheimen Orten. Setzt man diese Teile wieder zusammen, kann das Auge alle 5000 Jahre seine volle Wirkung entfalten. Und genau zu diesem Zweck hat über Jahrtausende ein Geheimbund existiert, der das Auge und damit die Macht an sich reißen will: der berühmt-berüchtigte Bund der Erleuchteten!