Ein U-Boot-Kapitän schließt sich mit einem Navy-SEAL-Team zusammen, um den russischen Präsidenten zu retten, der während eines Militärcoups gefangen genommen wurde, als er versuchte, einen durchgedrehten russischen General davon abzuhalten, den Dritten Weltkrieg zu entfachen. Neben der Befreiung des Präsidenten müssen die Helden die kriegerischen Pläne des Bösewichts vereiteln.

Um das dunkle Kapitel seiner Vergangenheit endlich auszulöschen, muss Jason Bourne sich dieser stellen. Das Projekt, welches ihn erschuf, wird auch weiterhin illegal fortgesetzt. Bourne macht sich daran, den Mord an seiner Freundin zu rächen. Unterstützt wird er dabei von Nicki, einer ehemaligen Agentin und der CIA-Agentin Landy. Doch auch der CIA-Chef Vosen hat seine Killer schon auf Bourne angesetzt, damit alle Gefahren für die Weiterführung des Projekts beseitigt werden.