Jason Bourne war nicht alleine: Tatsächlich war er nur einer von vielen Agenten, die beim Treadstone-Programm zu einer willenlosen Tötungsmaschine umprogrammiert wurden. Zu ihnen gehörte auch Aaron Cross, ein Agent, der als verschwunden galt - bis er, wie Bourne, unvermittelt mit gelöschtem Gedächtnis wieder auftaucht und beginnt, Fragen zu stellen. Das sorgt für Panik bei den Verantwortlichen innerhalb des CIA, denn Aaron Cross ist bekannt dafür, noch viel gefährlicher zu sein als Jason Bourne.

Evelyn Salt genießt bei der CIA den Ruf, eine der besten Agentinnen des Geheimdienstes zu sein. Loyalität und Patriotismus stehen bei ihr an vorderster Stelle. Niemand würde ihre Integrität in Frage stellen. Bis ein Überläufer sie beschuldigt, eine russische Spionin zu sein. Salt setzt sich ab. Während sie ihre gesammelten Fähigkeiten einsetzt, um ihre Verfolger zu täuschen und abzuschütteln, müht sie sich darum, ihre Unschuld zu beweisen. Damit bewirkt sie aber nur das Gegenteil. Offenbar gibt es ein Geheimnis, von dem keiner erfahren soll.

Nick und Cassie haben übernatürliche Fähigkeiten. Nick kann Dinge mit seinen Gedanken bewegen, Cassie kann in die Zukunft schauen. Sie beide wurden mit diesen Begabungen geboren und wollen eigentlich nur normal leben. Die skrupellose Regierungseinheit Division versucht, Menschen wie sie zu kontrollieren und zu Soldaten für ihre dunklen Zwecke zu machen. Wer sich weigert, wird eliminiert. Nick und Cassie geraten zwischen die Fronten und müssen sich entscheiden. Fliehen oder kämpfen.