Der geheimnissvolle Schurke Lord Shen hat es auf den knuffigen Bären abgesehen. Als ob das nicht schlimm genug wäre, verfügt der Bösewicht über eine Geheimwaffe. Es geht um nichts weniger, als das Kung Fu selbst vor dem mächtigen Feind zu beschützen. Zu diesem Zweck sind die Fähigkeiten aller "furiosen Fünf"? gefragt: Tigress, Crane, Monkey, Mantis und Viper, alle sind wieder dabei, um das gefährliche Abenteuer in China zu bestehen. Allerdings muss sich Kung Fu Panda Po erst einmal seiner mysteriösen Vergangenheit stellen.

In ihrem neuen Abenteuer möchten Alex, Marty, Melman und Gloria die Insel Madagaskar, wo sie nach einer längeren Odyssee gestrandet waren, verlassen, und wieder zurück "nach Hause" in den Zoo im New Yorker Central Park. Die Pinguine machen ein altes Flugzeugwrack wieder flott und die Heimreise kann beginnen. Auch mit an Bord gehen die Schimpansen Mason und Phil sowie King Julien und sein Privatsekretär Maurice. Es glückt zwar der Start des mit Klebeband geflickten Flugzeugs, aber weiter als bis nach Afrika schaffen sie es nicht und landen mit einem harten Aufprall mitten in der Steppe. Alex und seine Freunde treffen diesmal nicht nur auf Artgenossen, sondern sogar auf die eigene Familie und geraten mitten in ein neues turbulent-witziges Abenteuer ...