Als ein Patient, der nackt in ein Krankenhaus eingeliefert worden ist, unter mysteriösen Begleitumständen verstirbt, steht der gestreßte Notarzt Dr. Guy Luthan vor einem Rätsel. Doch schon bald führt ihn eine heiße Spur zu seinem ebenso genialen wie skrupellosen Oberarzt Dr. Myrick. Als Luthan herausbekommt, daß dieser an Obdachlosen experimentiert, um das Wachstum neuer Nervenstränge zu erforschen, begibt er sich selbst in akute Lebensgefahr.

Die geniale Erfindung des Wissenschaftlers Seth Brundle könnte das Transportwesen grundlegend verändern. Materie wird in ihre Bestandteile zerlegt, an jeden beliebigen Ort "gebeamt" und wieder zusammengesetzt. Der erste Selbstversuch hat jedoch katastrophale Nebenwirkungen. Bei der Teleportation verirrt sich eine Stubenfliege in seinen Apparat, worauf Körperatome von Mensch und Insekt sich miteinander vermischen. Unaufhaltsam beginnt Seth Brundle, sich in ein 180 Pfund schweres Insekt zu verwandeln. Doch damit beginnt erst der Albtraum.

Ein neues Videospiel kommt auf den Markt. Es nennt sich "eXistenZ" und wird mit Hilfe einer organisch aussehenden Spielkonsole gespielt, die man über einen künstlichen Eingang im Rückenmark, einen so genannten Bioport, am eigenen Körper anschließt. Beim Spielen kommt man so in eine absolut real erscheinende Parallelwelt. Die Schöpferin dieses Spiels, Allegra Geller, ist zum absoluten Superstar der Szene aufgestiegen. Zusammen mit dem Grünschnabel Ted Pikul findet sie sich in ihrem Spiel wieder. Wobei nicht klar ist, was Spiel und was Wirklichkeit ist.