Manny, Diego und Sid erleben ihr bisher größtes Abenteuer, als ein Kataklysmus gewaltige Stücke ihres Kontinents in den Ozean abdriften lässt. Vom Rest der Herde getrennt, nutzen sie einen Eisberg als notdürftigen Schiffersatz. Dabei begegnen die Freunde allerlei exotischen Meeresbewohnern und bekämpfen rücksichtlose Piraten.

Im Jahr 1996 wird der verurteilte Schwerverbrecher Phoenix bis ins 21. Jahrhundert eingefroren. Nachdem er seine Strafe "abgesessen"? hat, wird er wieder aufgetaut, doch die Gesellschaft hat sich verändert: Es gibt keine Verbrechen mehr, und als Phoenix seine alten Gewohnheiten wieder aufnimmt, sieht sich die Polizei ausser Stande, es mit ihm aufzunehmen. Also wird der ehemalige Cop Spartan, der Phoenix damals verhaftet hat und unschuldigerweise ebenfalls eingefroren wurde, auch wieder aus dem Kälteschlaf erweckt, um dem Wahnsinnigen Paroli zu bieten...

Peter Parker ist ein Außenseiter, der als kleiner Junge von seinen Eltern verlassen worden ist und seitdem von seinem Onkel Ben und Tante May aufgezogen wird. Wie die meisten Teenager, versucht Peter herauszufinden, wer er ist und wie er zu der Person geworden ist, die er heute ist. Außerdem findet er seine erste High School Liebe, Gwen Stacy. Gemeinsam kämpfen die beiden um Liebe, Hingabe und Geheimnisse. Als Peter einen mysteriösen Aktenkoffer entdeckt, der einst seinem Vater gehört hat, fängt er damit an, Nachforschungen anzustellen, weil er verstehen will, warum seine Eltern damals so plötzlich verschwunden sind. Seine Recherchen führen ihn direkt zu Oscorp und dem Labor von Dr. Curt Connors, dem ehemaligen Partner seines Vaters. Nachdem Spider-Man sich auf einen Kollisionskurs mit Connors Alter Ego The Lizard begeben hat, muss Peter einige lebensverändernde Entscheidungen treffen, wie er seine Kräfte einsetzt. Und er formt sein Schicksal, ein Held zu sein.

Für Peter Parker bedeutet das Leben aktuell vor allem eines: Stress! Auf der einen Seite fühlt er sich aufgrund seiner übermenschlichen Fähigkeiten dazu verpflichtet, als Spider-Man die Bevölkerung New Yorks zu beschützen. Auf der anderen Seite hat er aber auch ganz alltägliche Pflichten, die eines jungen Mannes eben. Daher sehnt Peter seinen Highschool-Abschluss herbei, um endlich eine Verpflichtung weniger und damit mehr Zeit für die Verbrechungsbekämpfung zu haben - und für Freundin Gwen Stacy. Dann taucht plötzlich eine ganz neue Bedrohung auf: Electro, dessen Fähigkeiten denen Peters weit überlegen sind. Doch als auch noch Peters alter Freund und OsCorp-Erbe Harry Osborn zurückkehrt, merkt der junge Held schnell, dass die größte Bedrohung ganz woanders liegt...