In der eisigen Kälte der Arktis harren einige Wissenschaftler um David (Edward DeRuiter) und Tracy (Jenna Parker) zu Forschungszwecken in einer Station in Grönland aus. Plötzlich verschwinden einige von ihnen im ewigen Eis. Die unerklärlichen Todesfälle werfen viele Fragen auf. Zunächst schieben sie die Schuld auf die Polarbären, die auf dem Eis leben und tragische Unfälle herbeigeführt haben könnten. Doch die Vermutung wird schnell wieder verworfen, als die Forscher gewaltige Biss-Spuren entdecken, die unmöglich von Bären stammen können. Die einheimischen Eskimos halten weiße Haie für die Täter. Die gigantischen Tiere durchbrechen den Erzählungen zufolge die Eisfläche, um Nahrung ausfindig zu machen. Nun wollen die Meeres-Monster ihre messerscharfen Zähne in die Wissenschaftler der Forschungsstation versenken...

Der Mega Shark kehrt nach seinen Kämpfen gegen den riesigen Octopus und den Crocosaurus erneut zurück. Als er dieses mal wieder die Weltmeere unsicher macht und einen gigantischen Schaden vor der Küste Ägyptens anrichtet, hat dies weltweite Börsencrashs und Panik zur Folge. Doch die Navy hat aus den ersten Mega-Shark-Vorfällen gelernt und ist nun besser auf die Situation vorbereitet: Sie haben bereits ein spezielles U-Boot entwickelt, dass der Gestalt eines Hais ähnelt. Die Militärwissenschaftlerin Rosie will damit dem gigantischen Haifisch gegenübertreten und ihn besiegen. Jedoch konnte Rosie viele der Schwächen der neuartigen Maschine noch nicht rechtzeitig ausmerzen und der Mega Shark macht sich diese schon bald zu Nutzen.