Im kalifornischen Küstenstädtchen San Benito soll die erfahrene Indizienexpertin Cassie Mayweather den rätselhaften Tod einer jungen Frau aufklären. Zunächst sieht es so aus, als ob es sich um das Opfer einer sinnlosen Gewalttat handelt. Obwohl es kaum Indizien gibt, entwickelt Cassie intuitiv eine bizarre Theorie. Die junge Frau musste nur deswegen sterben, weil der Mörder es darauf angelgt hat, den perfekten Mord zu begehen. Cassies neuer Kollege Sam Kennedy drängt sie, weiterhin systematisch den Hinweisen vom akribisch untersuchten Tatort nachzugehen. Aber sie vertraut unbeirrt ihrem Gefühl und spürt tatsächlich zwei Verdächtige auf. Doch die haben ein wasserdichtes Alibi...

Ein lautes Brüllen, schwere Schritte, die die Erde erschüttern lassen: Godzilla, eine nach französischen Atomversuchen zum Monster mutierte Echse, hält Einzug in New York und hinterläßt eine Spur unvorstellbarer Verwüstung. Das Militär ist machtlos gegen die Urgewalt des übermächtigen Gegners, selbst Raketen perlen an Godzilla ab wie Wassertropfen. Während die unverzagte Schlacht gegen die todbringende Kreatur immer wütender entbrennt, machen der Biologe Nick und der französische Geheimagent Roache die furchterregende Entdeckung, daß Godzilla Manhattan nicht zufällig angesteuert hat. Hinter seiner Wut lauert eine viel größere Gefahr. Eine Gefahr, die das Ende der Welt bedeutet, wenn nicht sofort gehandelt wird.