In einer Welt der Zukunft, in der die Erde von Aliens bedroht wird, sucht das internationale Militär verzweifelt nach einem militärischen Genie, dem es gelingen kann, die überlegene Flotte des übermächtigen Gegners zu besiegen. Dazu rekrutiert Commander Mazer Rackham potentielle Kandidaten bereits im Kindesalter, um sie in einer Militärschule im All isoliert auf den Kampf gegen die Außerirdischen vorzubereiten. Trainiert werden die Kinder vom hochdekorierten Colonel Hyrum Graff, der immer auf der Suche nach einem würdigen Nachfolger für den legendären Commander Mazer Rackham ist.

James Howlett verfügt über die seltene Gabe, sich in Wolverine verwandeln zu können. Er ist nicht der einzige, in dem übermenschliche Kräfte stecken. Auch Victor Creed alias Sabretooth hat sie. Beide verbindet eine enge Beziehung, bis Wolverines Freundin durch Victor umkommt. Fortan ist er auf Rache aus und tritt dem Weapon X-Programm bei, um eine lebende Waffe zu werden. Dort lernt er weitere Mutanten kennen.