In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?

Man schreibt das Jahr 2019. Den Replikanten, künstlichen Menschen, ist bei Todesstrafe die Rückkehr zur Erde verboten. Doch trotzdem kehren eines Tages einige dieser Wesen zurück. Diese besondere Spezies verfügt über Kraft und Intelligenz mehrerer Menschen und ist von diesen kaum zu unterscheiden. Sie sollen unschädlich gemacht werden. Nur eine Spezialeinheit kann sie aufspüren: die Blade Runner. Eine atemberaubende Hetzjagd durch die futuristische Welt beginnt.

Der Archäologe Michael Stone sucht schon sein ganzes Leben nach einem mysteriösen verschollenen Medaillon. Sein Sohn Billy ist mittlerweile auch im Bann des Schmuckstücks und findet es mit seiner besten Freundin Allie dann auch tatsächlich auf Aumakua Island. Doch plötzlich werden die Zwei in der Zeit zurück geworfen und landen in einem Zeitalter, in dem ein düsterer Krieger die Macht des Medaillons für sich ausnutzen will.