Wir schreiben das Jahr 2150 nach Christus. Die Essex, ein Weltraum-Fischereiraumschiff für den Industriekonzern AmberCorp, ist bereit, ihre letzte Tour der Saison zu machen. Doch das Schiff stößt mit einer höchst seltenen Kreatur zusammen, die so groß wie ein Mammut ist und die Ansprüche auf sein Territorium mit Nachdruck verteidigt.

Nachdem durch die randalierenden und genetisch veränderten Affen und den ausgebrochenen Virus die Weltbevölkerung drastisch reduziert wurde, versuchen einige wenige Überlebende ihr Dasein in San Francisco zu fristen. Aber auch bei den Affen ergeben sich Probleme. Der Anführer Caesar muss seine Machtposition in den eigenen Rängen behaupten. Mittlerweile hat er selbst eine Frau und ein Baby. Seinen Artgenossen hat er mittlerweile beigebracht, sich mithilfe einer Zeichenspracheuntereinander zu verständigen. Alles deutet darauf hin, dass der Waffenstillstand zwischen Affen und den überlebenden Menschen nicht von Dauer sein wird. Bald schon wird sich entscheiden, welche der beiden Spezies die Erde in Zukunft dominieren wird.