In naher Zukunft hat die Menschheit gewaltige technologische Fortschritte gemacht, aber dennoch ist Major die erste ihrer Art: Sie wurde nach einem schrecklichen Unfall in einen Cyborg mit übermenschlichen Fähigkeiten verwandelt, eine perfekte Waffe im Kampf gegen gefährliche Kriminelle überall auf der Welt. Und so ist Major auch am besten geeignet, gemeinsam mit ihrer Elite-Einsatztruppe Sektion 9 den skrupellosen Cyber-Terroristen Kuze aufzuhalten, dem es gelungen ist, sich in den Verstand von Menschen zu hacken und diese zu kontrollieren. Doch während der Jagd auf Kuze macht sie eine furchtbare Entdeckung: Die Wissenschaftler, die ihr angeblich das Leben gerettet haben, haben ihr in Wahrheit ihr Leben weggenommen. Fortan begibt sich Major auf die Suche nach den Verantwortlichen, um zu verhindern, dass andere dasselbe Schicksal erleiden müssen, und sie versucht gleichzeitig herauszufinden, wer sie vor ihrem Leben als Cyborg war...

Auf Befehl von General Douglas MacArthur wird Japan-Experte General Bonner Fellers in das zerstörte Tokio der unmittelbaren Nachkriegszeit geschickt. Dort soll er nach Japans Hauptkriegsverbrechern fahnden und die Lage des Kaisers von Japan untersuchen. Obwohl Kaiser Hirohito von seinem Volk sehr geschätzt wird, werden ihm schwere Kriegsverbrechen vorgeworfen. Fellers soll dabei helfen, eine Entscheidung von besonderem Ausmaß zu treffen: Soll der Kaiser vor Gericht gestellt und zum Tode verurteilt werden? Nebenbei will Fellers seine alte Liebe Aya wiederfinden, eine Austauschstudentin, die er Jahre zuvor in den USA getroffen hat. Bei seiner Ergründung der japanischen Geschichte und der Suche nach seiner großen Liebe stellt sich Fellers grundlegende Fragen der Humanität und Weisheit, um am Ende eine Entscheidung zu treffen, die beide Nationen für immer verändern wird.