Der junge Professor Charles Xavier, in seinen Zwanzigern, mit üppiger Haarpracht und zu Beginn des Films noch nicht im Rollstuhl, studiert in Oxford und trifft auf den gleichaltrigen Erik Lensherr. Beide sind Mutanten mit außergewöhnlichen Fähigkeiten. Gemeinsam erdenken sie eine Zukunft, in der Mutanten und Menschen vereint leben können. Als das Wohl der Welt auf dem Spiel steht, kämpfen sie mit vereinten Kräften und der Hilfe von anderen Mutanten gegen die drohende Gefahr des Hellfire Clubs mit Emma Frost und Sebastian Shaw. Erst im Laufe dieses Kampfes werden die beiden zu den Todfeinden der vorherigen Filme.

John Rollins, ein einfacher Farmer, steht kurz vor dem finanziellen Ruin. Die Krähen vernichten seine Ernte, eine Zwangsversteigerung steht bevor und die Schulden häufen sich. Als er jedoch in der Scheune eine mysteriöse Vogelscheuche findet und sie gegen den Willen seines Sohnes aufstellt, scheint sich das Blatt zu wenden. Die Krähen sterben über Nacht, der Mais sprießt wieder, eine erfolgreiche Ernte steht bevor. Doch als rund um die Farm immer mehr Menschen auf unerklärliche Weise sterben, beginnt John zu verstehen, dass hier übernatürliche Mächte am Werk sind .