In dem übernatürlichen Action-Thriller Legion wird ein abgelegenes Diner unvermittelt zum Schauplatz eines Kampfes, bei dem es um nichts Geringeres geht, als um das Überleben der menschlichen Rasse. Als Gott den Glauben an die Menschheit verliert, entsendet er eine Legion von Engeln, damit sie die Apokalypse über die Erde bringen. Die letzte Hoffnung der Menschen gründet sich auf eine Gruppe von Fremden, die in einem Diner mitten in der Wüste gefangen sind, sowie auf den Erzengel Michael.

In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation "Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran...