Das antike Griechenland im Jahre 1200 v. Chr.: Hercules ist das Kind des Göttervaters Zeus und einer menschlichen Königin, die dessen Charme erlag. Hercules weiß jedoch nichts von seiner Herkunft, seiner Identität und auch nicht davon, dass er dazu bestimmt ist, der Herrschaft des tyrannischen Königs ein Ende zu bereiten. Es beschäftigt ihn nur die Liebe zu Hebe, der Prinzessin von Kreta, die jedoch seinem Bruder versprochen wird. Hercules wird schließlich mit seinem wahren Schicksal und seiner Bestimmung als Held konfrontiert. Soll er den für ihn bestimmten Weg gehen, sein Land befreien und zum großen Helden werden? Oder soll er mit seiner geliebten Hebe vor allen Konventionen fliehen, sein Land im Stich lassen und ein Leben im Exil führen?

Der Glaube des jungen Priesters Merrin (Stellan Skarsgård) an Gott wurde durch schreckliche Erlebnisse während des Zweiten Weltkrieges erschüttert. Jahre später schließt er sich einer, von britischen Soldaten begleiteten, Expedition nach Kenia an, die auf der Suche nach religiösen Artefakten ist. Vor Ort haben Archäologen eine unerklärlich gut erhaltene christliche Kirche aus byzantinischer Zeit ausgegraben, in deren Inneren etwas Umheimliches darauf wartet, erweckt zu werden. Als der Wahnsinn die Bewohner der naheliegenden Stadt und die Soldaten befällt, muss Merrin tatenlos mit ansehen, wie diese rücksichtslos gegen die hilfslose Stadt vorgehen. Er hatte so etwas schon einmal gesehen und dafür gebetet, es nie wieder erleben zu müssen. Jetzt aber fließt das Blut der Unschuldigen über das afrikanische Land und der Horror hat gerade erst begonnen. An dem Platz wo das Böse geboren wurde, wird Pater Merrin sein wahres Gesicht entdecken...