Roger O. Thornhill, ein einfacher Werbefachmann, will nur eine Geschäftsbesprechung führen, als ihn zwei Männer mit einer Waffe bedrohen und ihn auf einem Landsitz entführen. Dort wird er von Philipp Vandamm zu Rede gestellt, der ihn fälschlicherweise für einen gewissen George Kaplan hält. Thornhill beteuert seine Unschuld, kann dann aber nur knapp einem Mordanschlag entgehen, weil er die geforderten Informationen nicht preisgeben konnte. Von der Polizei aufgegriffen, glauben diese ihm kein Wort seiner verrückten Geschichte. Doch Thornhill lässt sich nicht beirren und macht sich auf die Suche nach dem echten George Kaplan...

Obwohl sie als Abtrünnige gelten, kehrt die Mannschaft der U.S.S. Enterprise zur Erde zurück. Sie stellen sich der Anklagen für die Taten, die sie im Laufe von Spocks Rettung begangen haben. Während sie noch im Anflug sind, wird die Erde von einer außerirdischen Sonde verwüstet. Sie verlangt Antwort von einer Lebensform, die nicht länger existiert. Kirk und seine Crew begeben sich an Bord eines gekaperten klingonischen Bird of Prey auf eine Reise durch Raum und Zeit, um die Erde zu retten. Sie entdecken dabei die wahre Bedeutung von Freundschaft wieder.