Keiner kennt die Tiefen der sieben Meere besser als Dokumentarfilmer Steve Zissou, der mit seinem "Team Zissou" das Leben unter Wasser im U-Boot erforscht. Aber Steve hat schon bessere Zeiten erlebt und setzt nun alles auf eine Karte, um sich mit einer aufsehenerregenden und womöglich letzten Expedition einen Platz in der Geschichte zu sichern. Bei seiner letzten Expedition kam Steves Partner Esteban du Plantier ums Leben, weil ihn ein bis dahin unbekannter Jaguarhai angegriffen hat. Diesem seltsamen Geschöpf will Steve nun an den Kragen. Zu seinen Expeditionsteilnehmern gehören der verschrobene Deutsche Klaus Daimler, der Sicherheitsexperte Pelé dos Santos, Anne-Marie Sakowitz, Steves angeblicher Sohn Ned Plimpton und die schwangere Journalistin Jane Winslett-Richardson. Schon kurz nach der Abfahrt häufen sich die Probleme und Steves langjähriger Widersacher Alistair Hennessey macht die Aufgabe auch nicht leichter.

Brasilien in den 60ern: Das "Tender Trio" raubt Motels und Tankwagen aus. Die Jüngeren beobachten und lernen schnell - zu schnell. Etwa zehn Jahre später: Li'l Zé hat sich ausgebreitet, ihm gehört jetzt die ganze Stadt. Rivalisierende Banden werden ohne Gnade niedergemetzelt und vertrieben. Nur sein bester Freund Bene kann ihn einigermaßen zur Vernunft bringen. Buscapé will weder zu Li'l Zé noch zu einer der anderen Banden gehören, die in der "City Of God" herrschen. Er will sich nur seiner Fotografie widmen. Bis jetzt konnte er sich noch aus dem Wahnsinn heraushalten. Doch in den 80ern eskaliert die Situation zwischen den letzten beiden Gangs...