1000 Jahre sind vergangen, seitdem Naturkatastrophen die Menschen gezwungen haben, die Erde zu verlassen und den Planeten Nova Prime zu besiedeln. Nach einem ausgedehnten Kampfeinsatz kehrt General Cypher zurück nach Hause, um sich endlich um seinen 13-jährigen Sohn Kitai kümmern zu können. Ein Asteroidensturm beschädigt ihr Raumschiff, sie müssen auf der Erde notlanden. Um den sterbenden Vater zu retten, muss sich Kitai in die fremde Wildnis wagen und Hilfe organisieren.

400 Jahre in der Zukunft, genauer im Jahre 2415, ist Æon Flux eine mysteriöse Attentäterin. Vier Jahrhunderte nach einem Virus, der fast die gesamte menschliche Rasse ausgelöscht hat, leben 5 Millionen Menschen in einer utopischen Stadt genannt Bregna. Æon kämpft um das Goodchild Regime zu vernichten, dass von ihrem Namensvetter und Herrschers von Bregna, Trevor Goodchild angeführt wird. Æon versucht Trevor Goodchild zu töten, doch kurz bevor offenbaren sich weitere Geheimnisse die entdeckt werden müssen und Verschwörungen die vereitelt werden müssen.