Als der Molekularbiologe und Doktorand Ian Gray die mysteriöse Sofi kennenlernt, verliebt er sich auf den ersten Blick in die attraktive Frau mit den unwiderstehlichen Augen - trotz ihrer gegensätzlichen Ansichten zu Ians wissenschaftlichen Standpunkten. Die Beziehung endet jedoch auf tragische Weise durch Sofis Tod, der Forscher ist am Boden zerstört. Zusammen mit seiner Laborpartnerin Karen macht er allerdings eine bahnbrechende Entdeckung. Die könnte ihn mit Sofi wieder vereinen, aber auch die Gesellschaft, wie wir sie kennen, grundlegend verändern: In Indien wurde ein Mädchen geboren, das dieselben Augen haben soll wie Sofi, wissenschaftlich gesehen ein Ding der Unmöglichkeit. Aber sollte Ians große Liebe am Ende recht behalten? Können Seelen wiedergeboren werden? Mit diesen Fragen im Kopf reist der Wissenschaftler nach Indien...

Die humanoiden Schildkröten Leonardo, Michelangelo, Raphael, Donatello und ihr Meister, die humanoide Ratte Splinter, kämpfen gegen den bösen Shredder und seine Armee von Foot Soldiern. Unterstützt werden sie dabei von der furchtlosen Journalistin April O'Neil und ihrem Kameramann Vern Fenwick. Ihre wichtigsten Waffen sind dabei nicht nur ihre Ninja-Ausbildung samt Waffengebrauch, sondern auch ihr Witz und ihre tiefe brüderliche Verbundenheit, sowie die Energie, die sie aus ihrem täglichen Pizzaverzehr ziehen.