Ninjutsu-Meister Sensei hütet das älteste Geheimnis der Ninjas: Die Waffentruhe "Yoroi Bitsu" mit den Waffen der letzten Koga Ninja. Zwei seiner eifrigsten Schüler sind der hitzköpfige Masazuka und der amerikanische Student Casey. Als sich beide in die Tochter ihres Meisters verlieben, verliert Masazuka die Kontrolle. Daraufhin verbannt ihn Sensei für immer aus dem Doro - doch Masazuka schwört Rache. Jahre später kehrt Masazuka zurück, um die Herrschaft über das Doro und des Yoroi Bitsu an sich zu reißen. Eine kampfgeladene Jagd nach der Waffentruhe beginnt und führt die Krieger schließlich bis nach New York - wo Masazuka endlich zu bekommen scheint, was er will: Sensei's Tochter Namika. Doch mit der Yoroi Bitsu als Köder, führt Casey seinen Gegner in eine tödliche Falle.

Die humanoiden Schildkröten Leonardo, Michelangelo, Raphael, Donatello und ihr Meister, die humanoide Ratte Splinter, kämpfen gegen den bösen Shredder und seine Armee von Foot Soldiern. Unterstützt werden sie dabei von der furchtlosen Journalistin April O'Neil und ihrem Kameramann Vern Fenwick. Ihre wichtigsten Waffen sind dabei nicht nur ihre Ninja-Ausbildung samt Waffengebrauch, sondern auch ihr Witz und ihre tiefe brüderliche Verbundenheit, sowie die Energie, die sie aus ihrem täglichen Pizzaverzehr ziehen.

April, Courtney und Monica sehen auf den ersten Blick wie ganz normale junge Traumfrauen aus. Sie studieren am Junior-College, helfen der Mama im Haushalt und gehen am Abend noch ein wenig strippen, um das Geld für die Eliteuni zusammen zu sammeln. Nur sind sie, was kaum einer weiß, nebenbei noch komplex ausgebildete Ninja-Kriegerinnen und in dieser Funktion imstande, zu Dritt ganze Marinekompanien auseinander zu nehmen. Als ein gewissenloser Gangsterboss ihren Meister entführt und den Stripclub verwüstet, lernt er sie kennen.