Die vier Freundinnen Carmen, Lena, Bridget und Tibby sind schon ihr ganzes Leben miteinander befreundet. Normalerweise verbringen sie die Sommerferien immer gemeinsam. Doch diesmal trennen sich ihre Wege. Aber eine geheimnisvolle Jeans, die allen passt, hält den Viererbund auch über diesen Sommer zusammen.

Schecky Moskowitz träumt vom Dasein als erfolgreicher Stand Up Comedian und vor allem jeder Menge heißer Bräute, doch einstweilen langen seine Fertigkeiten allenfalls zum allseits verspotteten, tölpelhaften Kreuzfahrtschiff-Reservekellner, dem jede Frau vom steilen Zahn an der Bar bis zur hinterletzten Küchenmaid zu recht die kalte Schulter zeigt. Als aber Terroristen das Boot entern, um im Auftrag von General Noriega Miss Australien zu ermorden, wächst Schecky über sich hinaus.

Als dem jungen Marineoffizier Commander Miles Sheffield das Kommando über das US-Marine-U-Boot USS Lansing anvertraut wird, macht er sich damit nicht nur Freunde. Vor allem Lieutenant Commander Albert Kenner fühlt sich bei der Beförderung übergangen und wartet fortan an Bord der USS Lansing auf seine Chance, Sheffield diese Schmach heimzahlen zu können. Diese Gelegenheit ergibt sich früher als gedacht, als die Lansing, eines der schnellsten Unterseeboote der Welt, plötzlich mitten in ein Desaster gerät. Ein Atomraketen-Test Nord Koreas verläuft nicht nach Plan. Als eine der abgeschossenen Raketen auf einer Insel in unmittelbarer Nähe der USS Lansing explodiert, verursacht der dadurch entstandene nuklear-elektromagnetische Impuls einen Totalausfall sämtlicher Geräte an Bord. Die Verbindung zur Kommandozentrale ist unterbrochen und das Wasser rund um das U-Boot radioaktiv verseucht

In ihrem neuen Abenteuer möchten Alex, Marty, Melman und Gloria die Insel Madagaskar, wo sie nach einer längeren Odyssee gestrandet waren, verlassen, und wieder zurück "nach Hause" in den Zoo im New Yorker Central Park. Die Pinguine machen ein altes Flugzeugwrack wieder flott und die Heimreise kann beginnen. Auch mit an Bord gehen die Schimpansen Mason und Phil sowie King Julien und sein Privatsekretär Maurice. Es glückt zwar der Start des mit Klebeband geflickten Flugzeugs, aber weiter als bis nach Afrika schaffen sie es nicht und landen mit einem harten Aufprall mitten in der Steppe. Alex und seine Freunde treffen diesmal nicht nur auf Artgenossen, sondern sogar auf die eigene Familie und geraten mitten in ein neues turbulent-witziges Abenteuer ...

Zum dritten Mal versucht das tödliche Gemüse in der Geschichte des Films die Welt zu erobern: Was in den ersten Filmen begann, setzt sich nun erbarmungslos fort. Noch immer hat der wahnsinnige Tomaten-Experte Mortimer Gangreen den absurden Plan, die Welt mit Hilfe seiner Gemüse-Züchtungen in seine Gewalt zu bekommen. Als TV-Talkmaster Jeronahew plant er, die vor dem Fernseher verharrenden "Couch-Potatoes" in seine Tomatenkreaturen zu verwandeln. Nur Detektiv Lance Boyle und der Tomatologe Kennedi Johnson stellen sich der Gemüse-Verschwörung entgegen. Im legendären Kampf um den "Tempel des Brotes" scheint ihre Niederlage jedoch besiegelt zu sein...