Sergeant Tom "Gunny" Highway ist noch ein Kämpfer der alten Schule. Seine Narben und Orden hat er sich bereits im Korea-Krieg verdient. Als Ausbilder in einer Kompanie der Marines wird ihm ein Haufen junger Rekruten zugeteilt. Mit eiserner Faust trommelt er Disziplin und Power in die lasche Truppe. Dass seine Methoden aber gar nicht so veraltet sind, wie seine Vorgesetzten behaupten, kann der alte Haudegen schon bald beweisen: Ein Kampfeinsatz auf einer Karibikinsel steht bevor..

Obwohl sie als Abtrünnige gelten, kehrt die Mannschaft der U.S.S. Enterprise zur Erde zurück. Sie stellen sich der Anklagen für die Taten, die sie im Laufe von Spocks Rettung begangen haben. Während sie noch im Anflug sind, wird die Erde von einer außerirdischen Sonde verwüstet. Sie verlangt Antwort von einer Lebensform, die nicht länger existiert. Kirk und seine Crew begeben sich an Bord eines gekaperten klingonischen Bird of Prey auf eine Reise durch Raum und Zeit, um die Erde zu retten. Sie entdecken dabei die wahre Bedeutung von Freundschaft wieder.

Spock ist tot! Die Stimmung unter seinen früheren Freunden ist entsprechend gedrückt. Auch Pille nimmt sich den Tod seines liebsten Diskussionspartners schwer zu Herzen, trotzdem verwundert es Kirk sehr, als er ihn in Spocks Kabine ertappt und ausgerechnet er sich genauso wie der tote Vulkanier benimmt. Kirk erfährt von Spocks Vater Sarek, dass Spock versucht haben muss, vor seinem Tod seinen Geist in jemand anderes zu übertragen - in McCoy? Tatsächlich finden Saavik und Kirks Sohn David Marcus, die beide auf dem Planeten Genesis zurückgeblieben sind, Spocks leeren Sarg und entdecken in der Nähe ein vulkanisches Kind ohne Gedächtnis, das rasant heranwächst...

Ohne es zu wissen, landet Chekov auf dem Planeten, auf den Kirk einst Khan verbannte. Der zwingt den Russen, seinen Ex-Captain herzulocken. Zugleich hat Khan es auf das Projekt Genesis abgesehen, das Kirks einstige Liebe Dr. Marcus zusammen mit ihrem gemeinsamen Sohn leitet. Es soll die Schöpfung fruchtbarer Welten auf öden Planeten ermöglichen. Als Kirk mit einer Enterprise voller Neulinge eintrifft, greift ein Föderationsschiff an. Khan führt dort das Kommando...

Weil seine friedliche Agrarkolonie von dem Weltraumfinsterling Sador bedroht wird, flieht der junge Shad in einem Raumschiff und macht sich auf die Suche nach Söldnern, die Sador Widerstand entgegensetzen können. Auf diese Art und Weise bekommt er sechs Heroen zusammen, die sich tatsächlich auf dieses Himmelfahrtskommando einlassen. Zu siebt reisen sie dem Schurken entgegen...