Es beginnt ohne erkennbare Vorwarnung. Es scheint aus dem Nichts zu kommen. Innerhalb von Minuten bricht eine Welle mysteriöser und grauenhafter Todesfälle über große amerikanische Metropolen herein, die sich jeder Erklärung entziehen und in ihrer schockierenden Destruktivität unvorstellbar sind. Was ist verantwortlich für diesen plötzlichen Zusammenbruch menschlichen Verhaltens? Ein neuer Terroranschlag, ein fehlgeschlagenes Experiment, eine teuflische biochemische Waffe, ein Virus der außer Kontrolle geraten ist? Und wie wird es übertragen? Über die Luft? Über das Wasser?...

Der Film hat keine Handlung im klassischen Sinn und ist nicht chronologisch aufgebaut. Er zeigt in sechs verschiedenen Handlungssträngen Figuren, anhand derer Facetten aus dem Leben von Bob Dylan dargestellt werden. Die Episoden wandeln zwischen realen, verbürgten Szenen und philosophischen, abstrakten Metabetrachtungen. Unter anderem wird gezeigt, wie Dylan im Jahr 1965 anfängt, die elektrische Gitarre Fender Stratocaster zu benutzen (anhand der filmischen Figur Jude Quinn). Außerdem wird in Anlehnung an den Western Pat Garrett jagt Billy the Kid, zu dem Dylan den Soundtrack schrieb, Richard Gere als Billy the Kid gezeigt (als Parallele zu dem älteren Bob Dylan), der anfangs nur ein ruhiges Leben führen will und dann in einer Art Comeback seinen alten Widersacher Pat Garret ein letztes mal überlistet.

Der aus einfachen Verhältnissen stammende Will Hunting, jobbt als Reinigungskraft am Massachusetts Institute of Technology, und keiner ahnt, dass in ihm ein mathematisches Genie steckt. Mühelos löst er die für die Studenten angeschriebenen Aufgaben. Doch als der eigensinnige Will nach einer Schlägerei im Gefängnis landet, liegt sein Schicksal in den Händen des Therapeuten Sean Maguire. Nach und nach findet der exzentrische Psychologe Zugang zu dem verschlossenen jungen Mann und bringt ihn dazu, sich seinen Gefühlen, Ängsten und letztlich auch seiner Zukunft zu stellen.