200 Jahre nach ihrem Tod wird Ellen Ripley von skrupellosen Militär-Wissenschaftlern an Bord des terranischen Raumkreuzers U.S.M. Auriga wieder zum Leben erweckt: In einer Testreihe werden die Gene ihrer Überreste so oft geklont, bis es gelingt, sie und die Alien-Königin in ihrem Körper lebensfähig zu halten. Wider Erwarten überlebt sie den Eingriff, bei dem die Königin operativ aus dem Körper entfernt wird. Die Wissenschaftler wollen die xenomorphen Aliens für den militärischen Einsatz weiterzüchten. Zu diesem Zweck benötigen sie Wirtskörper, die ihnen von Weltraumpiraten in Form von entführten Kolonisten geliefert werden. Bald schon schlüpfen die ersten Aliens, die in vermeintlich ausbruchsicheren Käfigen untergebracht werden.

Brad (Brendan Michael Coughlin) ist Snowboarder und auf dem Weg zu einer Party. Lisa (Ayla Kell) flieht vor ihrer dunklen Vergangenheit. Ein Schneesturm bringt die beiden zusammen, sie suchen Zuflucht in der Rosemont Lodge. Josephine (Grace Zabriskie) ist das Herz des Hotels, das sie nach einer Familientragödie vor 20 Jahren schloss. Ihr einziger Angesteller ist Abe (Brad Dourif). Eingeschneit und von der Welt abgeschottet beginnen die vier, ihre Leben zu hinterfragen, auf der Suche nach Halt.

Der verurteilte Dieb Henri Young wird auf die Gefängnisinsel Alcatraz in der Bucht von San Francisco gebracht. Hier erwartet ihn der sadistische stellvertretende Direktor Glenn, der Young gleich bei einem Fluchtversuch erwischt. Die Strafe: Young landet im dunklen Kerker - für drei Jahre! Aus der Isolationshaft entlassen, ersticht Young bei der ersten Gelegenheit einen Mitgefangenen, den er für seinen Verräter hält. Dafür soll er zum Tode verurteilt werden.

Tes, Dawn und Kara sind drei junge Frauen, die sich in Las Vegas mehr schlecht als recht durchschlagen. Als Tes einen geheimnisvollen Fremden namens Mel kennenlernt und er ihnen ein besseres Leben durch Verbrechen verspricht, nehmen sie sein Angebot zur Zusammenarbeit zunächst begeistert an, müssen dann aber feststellen, dass sie sich damit auf eine lebensgefährliche Sache eingelassen haben.

Im südlichen US-Bundesstaat Mississippi werden 1964 drei junge Männer, ein schwarzer und zwei weiße Bürgerrechtler von einem Wagen mit Blaulicht in einer abgelegenen Straße angehalten. Nachdem sich die drei wüste, rassistische Beschimpfungen anhören müssen, werden sie erschossen. Zur Aufklärung des Falls werden der idealistische Nordstaatler Alan Ward und der erfahrene ehemalige Südstaaten-Sheriff Rupert Anderson als FBI-Ermittler nach Jessup County geschickt. Dort haben die FBI-Agenten keine leichte Aufgabe vor sich, sind die offen rassistischen Einwohner doch wenig hilfreich bei der Aufklärung des Verbrechens. Als den Agenten klar wird, dass die drei ermodert wurden, fordert Ward einen großen Trupp FBI-Agenten und sogar das Militär an, um zu helfen. Unterdessen kommt Anderson der Frau des Hilfssheriff, Mrs. Pell näher.