Der eingebildete Löwe Alex, das vorlaute Zebra Marty, die ständig panische Giraffe Melman und die divenhafte Nilpferd-Dame Gloria sind die absoluten Stars im Zoo des New Yorker Central-Park. Doch Marty ist traurig: Zu sehr beschäftigt ihn der Gedanke an die Freiheit. Und als er eines Tages zufällig hinter den Fluchtversuch einiger Pinguine kommt, ist er kurz darauf verschwunden. Als sich alle vier Freunde nach einer tierisch rasanten Flucht durch das New Yorker U-Bahn-Netz, in Kisten verpackt auf einem Schiff wiederfinden, sind sie Martys Wunsch "Zurück in die Wildnis" unfreiwillig näher, als sie glauben: Vor der Küste der Insel Madagascar gehen sie erst über Bord, um gestrandet aus erster Hand zu erfahren, wie sich das wilde, neue Leben anfühlt.

Königspaar zu sein und ein Reich zu regieren macht keinen Spaß, zumindest den beiden Ogern Fiona und Shrek nicht. Ein Ersatz-Regent muss her. Shrek macht sich zusammen mit Esel und dem Gestiefelten Kater auf die Suche nach dem eigentlichen, aber lustlosen Thronfolger des Landes: Artus. Sobald der gefunden und überzeugt wurde können die beiden Oger zurück in den geliebten Sumpf und sich dort wieder der Ruhe und dem erwarteten Nachwuchs zuwenden. Unterwegs müssen die drei sich wieder durch allerhand Widrigkeiten kämpfen, aber auch Fiona die zu Hause die Stellung hält sieht sich mit Machtkämpfen und Intrigen konfrontiert: Prinz Charming will die Macht im Reich an sich reißen ...

Gerade als Shrek dachte, er könne sich zurücklehnen und sein und-er-lebte-glücklich-bis-an-sein-Lebensende genießen, ist plötzlich Weihnachten! Jeder wird von Festtagsstimmung erfasst - sehr zum Ärger des ewig griesgrämigen Ogers. Fiona und den Kindern zuliebe versucht er dennoch, ein perfektes Weihnachten zu organisieren. Sein Ehrgeiz kombiniert mit den verwirrenden Tipps seiner Freunde führt dazu, dass dem Märchenland ein wirklich einzigartiger Heiligabend bevorsteht.

Der 900 Pfund schwere, handzahme Grizzly Boog und der schmächtige Hirsch Elliott verirren sich ausgerechnet zum Beginn der Jagdsaison im Wald. In der Not beschließt das ungleiche Duo, gemeinsame Sache zu machen. Denn nur zusammen sind sie stark! Mit Hilfe anderer tierischer Waldbewohner wollen sie nun versuchen, den Wald von den Jägern zurückzuerobern.

Die frisch verheirateten Shrek und Prinzessin Fiona werden in Fionas Königreich "Weit weit weg" eingeladen, um die Hochzeit von Fionas Eltern segnen zu lassen - was Shrek für keine gute Idee hält, und er hat Recht damit: Die Eltern sind von der Verwandlung ihrer Tochter in eine Ogerin entsetzt, eine Gute Fee möchte ihren Sohn Prinz Charming mit Fiona verkuppeln und ein Killerkater wird damit beauftragt, Shrek beiseite zu schaffen.