Jason Bourne und seine Lebensgefährtin Marie leben zurückgezogen in Indien, doch der immer noch unter Amnesie leidende Jason wird jede Nacht von Alpträumen gequält. Als in Berlin zwei Agenten getötet werden, schiebt man ihm die Schuld in die Schuhe. Wieder setzt die CIA Agenten auf Bourne an und er und Marie müssen flüchten. Doch als die CIA-Killer Marie töten dreht Jason den Spieß um...

Irgendwann in naher Zukunft: Als die berühmte Pianistin Iris Sellin erfährt, dass sie an einer unheilbaren Krankheit leidet, wendet sie sich mit einem gewagten Plan an den Reproduktionsmediziner Martin Fisher - er soll sie klonen und damit ihr musikalisches Talent unsterblich machen. Fischer lässt sich darauf ein und so wird mit Iris' Tocher Siri der erste menschliche Klon der Welt geboren. Aus medizinischer Sicht ist das Experiment ein Erfolg, doch als Siri erfährt, wer sie in Wirklichkeit ist - nicht mehr als eine Kopie der berühmten Mutter - beginnt damit ein lebenslanger Kampf um die eigene Identität...