Nach dem ditten Weltkrieg ist die Erdoberfläche verwüstet und die radioaktive Strahlung hat zu vielen Mutationen geführt, die auch Zombies hervorgebracht haben. Nur die Stärksten unter den Menschen haben überlebt. Sie formieren sich als Ninja-Clans, deren Zufluchtsort ein gigantischer Atomschutzbunker tief unter der Erde ist. Neben vieler anderer rivalisierender Ninja-Ordnen, hat auch der Clan von Großmeister Fumitaka hier sein Domizil. Alle Schüler werden in die untersten Räume des Bunkers geladen, um die aktuelle Lage zu besprechen, doch dann wird Fumitaka Opfer eines Attentats. Des Mordes beschuldigt wird der "Lost-Clan". Fortan müssen sich die jungen Kämpfer Cage und Surge zusammen mit ihren Freunden an die Oberfläche kämpfen. Ihnen in den Weg stellen sich Horden an Ninjas, Monstern und Zombies.

Casey lebt zufrieden mit seiner schwangeren Frau Namiko in Japan, wo er eine Kampfkunstschule leitet. Überzeugt davon, er könne sein vorheriges Leben als todbringender Ninja hinter sich lassen, wird Namiko von Unbekannten brutal ermordet. Getrieben von Rache führt ihn die Spur der Killer über Thailand nach Burma, wo er die Hintergründe des Attentats herausfindet. Nun gibt es kein Halten mehr: Mit beispielloser Härte geht der ausgezeichnete Ninjutsu-Fighter in den Kampf und hinterlässt eine Schneise der Zerstörung in den Reihen eines international agierenden Drogenrings ...

April, Courtney und Monica sehen auf den ersten Blick wie ganz normale junge Traumfrauen aus. Sie studieren am Junior-College, helfen der Mama im Haushalt und gehen am Abend noch ein wenig strippen, um das Geld für die Eliteuni zusammen zu sammeln. Nur sind sie, was kaum einer weiß, nebenbei noch komplex ausgebildete Ninja-Kriegerinnen und in dieser Funktion imstande, zu Dritt ganze Marinekompanien auseinander zu nehmen. Als ein gewissenloser Gangsterboss ihren Meister entführt und den Stripclub verwüstet, lernt er sie kennen.

Raizo ist einer der gefährlichsten Auftragskiller der Welt - seit ihn der Ozuno-Clan als Kind aus der Gosse geholt und zu einer perfekten Tötungsmaschine ausgebildet hat. Aber als die Geheimorganisation, die viele bloß für einen Mythos halten, seine Freundin brutal hinrichtet, bricht Raizo mit dem Clan ... und verschwindet. Nun bereitet er seine gnadenlose Rache vor und wartet.

Nachdem sie ihren größten Feind Shredder in die Schranken gewiesen haben, leben sich die vier Ninja-Turtles zunehmend auseinander. Als der Großindustrielle Max Winters damit beginnt, eine Armee von Monstern um sich zu scharen, muss Meister Splinter seine Schützlinge Donatello, Raphael, Michelangelo und Leonardo wieder vereinen, um nicht nur New York, sondern die ganze Welt zu retten.