Im zukünftigen Jahr 1996 wird eine Gruppe von Kindern zu Soldaten erzogen und ausgebildet. Unter ihnen ist auch Todd, der sich im Jahre 2036 zu einer tödlichen Kampfmaschine (Kurt Russell) entwickelt hat, die schon in zahlreiche Schlachten gekämpft hat. Doch als die Befehlshaber eines Tages zu dem Schluss gelangen, dass neue, genetisch modifizierte Soldaten besser für künftige Schlachten geeignet seien, sollen die alten "Modelle" einfach ausgetauscht werden. Nach einem Kampf, bei dem mehrere seiner Genossen ums Leben kommen, wird Todd, der schwer verletzt überlebt, aber ebenfalls für tot gehalten wird, auf den Müllentsorgungsplaneten Arcadia transportiert. Dort stößt er auf eine Gruppe Siedler, die sich überraschend gut auf Arcadia arrangiert haben. Doch als eines Tages ein Mordkommando - bestehend aus den neuen Übersoldaten - entsandt wird, weiß Todd, dass er die friedlichen Bewohner beschützen muss.

Ein lautes Brüllen, schwere Schritte, die die Erde erschüttern lassen: Godzilla, eine nach französischen Atomversuchen zum Monster mutierte Echse, hält Einzug in New York und hinterläßt eine Spur unvorstellbarer Verwüstung. Das Militär ist machtlos gegen die Urgewalt des übermächtigen Gegners, selbst Raketen perlen an Godzilla ab wie Wassertropfen. Während die unverzagte Schlacht gegen die todbringende Kreatur immer wütender entbrennt, machen der Biologe Nick und der französische Geheimagent Roache die furchterregende Entdeckung, daß Godzilla Manhattan nicht zufällig angesteuert hat. Hinter seiner Wut lauert eine viel größere Gefahr. Eine Gefahr, die das Ende der Welt bedeutet, wenn nicht sofort gehandelt wird.

Luc Deveraux hat seine Erlebnisse als Universal Soldier überstanden und arbeitet für die US-Regierung an einer Verbesserung und Wiederaufnahme des Universal-Soldier-Programms. Als der Supercomputer S.E.T.H. durchdreht und die Kontrolle über die Killermaschinen übernimmt, ist Luc der einzige, der sie stoppen kann.