Manny, Diego und Sid erleben ihr bisher größtes Abenteuer, als ein Kataklysmus gewaltige Stücke ihres Kontinents in den Ozean abdriften lässt. Vom Rest der Herde getrennt, nutzen sie einen Eisberg als notdürftigen Schiffersatz. Dabei begegnen die Freunde allerlei exotischen Meeresbewohnern und bekämpfen rücksichtlose Piraten.

Auf dem Heimweg von der Betriebsweihnachtsfeier wollen drei Arbeitskollegen nur kurz bei einem Bankautomaten Geld abheben. Als sie wieder zu ihrem Auto zurück wollen versperrt ihnen ein vermummter Unbekannter den Weg und es beginnt ein gefährliches Katz-und-Maus Spiel...

Endlich Sommerferien! Die Pearson-Kids sind allerdings wenig begeistert, denn die Aussicht auf einen langweiligen Familienurlaub im idyllischen Ferienhaus senkt die Laune gewaltig. Als die Kinder auf dem Dachboden des Anwesens jedoch die kleinen außerirdischen Noobs entdecken, ist Schluss mit Langeweile.

Die drei "Ice Age"-Helden Diego, Sid und Manni haben die grosse Schmelze aus dem zweiten Teil überstanden. Ellie und Manni, die beiden Mammuts, erwarten Nachwuchs und Sid hegt ebenfalls den Gedanken, die Familiengründung so langsam zu beginnen. Dass er sich dazu die Eier eines T-Rex Weibchens zu eigen macht, stösst bei dieser nicht gerade auf Wohlwollen. Kurzum wird Sid verschleppt und findet sich einer schier ausweglosen Situation in einer grossen Dinosaurier-Welt wieder. Nun sind seine Freunde gefragt, denn nur sie können das Faultier befreien.

Kaum sind die drei Freunde Ryan, Wade und Emmit an ihrer neuen Highschool angekommen, schon werden sie mit der gnadenlosen Hackordnung auf dem Campus vertraut gemacht. Entweder fügen sie sich in das Terrorregime der Schulrowdys, oder sie organisieren sich einen Leibwächter. Per Annonce entscheiden sie sich für den obdachlosen Glücksritter Drillbit Taylor, dessen Methoden gebührlich seltsam ausfallen.