Lara Croft befindet sich in einem globalen Wettlauf gegen den größenwahnsinnigen Wissenschaftler Dr. Jonathan Reiss, der mit Hilfe der sagenumwobenen Büchse der Pandora unvorstellbaren Schrecken über die Menschheit bringen will. Um zu verhindern, dass das antike Artefakt in die falschen Hände gerät, verfolgt Lara die Machenschaften von Dr. Reiss und seinem Team über mehrere Kontinente, die nervenzerfetzende Jagd führt sie von Europa über Asien bis hin nach Afrika. Der Wissenschaftler bleibt dabei nicht das einzige Problem, denn auch das chinesische Verbrechersyndikat von Chen Lo interessiert sich brennend für die sagenumwobene Büchse der Pandora.

Laras vor Jahren verstorbener Vater macht in einer Nacht, in der eine ungewöhnliche Sternenkonstellation eine bevorstehende absolute Sonnenfinsternis ankündigt, auf sich aufmerksam. Die aus dem Schlaf gerissene Lara findet eine Uhr, die eine verschlüsselte Nachricht ihres Vaters enthält: Vor Tausenden von Jahren sei ein Himmelskörper auf der Erde eingeschlagen, in dem die Menschen eine mysteriöse, kristalline Substanz gefunden hätten. Geformt zu einem allsehenden Auge verlieh sie überirdische Macht. Aufgrund der daraus entstehenden Gefahr ließ ein Priester das Auge teilen und versteckte die beiden Teile an geheimen Orten. Setzt man diese Teile wieder zusammen, kann das Auge alle 5000 Jahre seine volle Wirkung entfalten. Und genau zu diesem Zweck hat über Jahrtausende ein Geheimbund existiert, der das Auge und damit die Macht an sich reißen will: der berühmt-berüchtigte Bund der Erleuchteten!

Australien im 19. Jahrhundert schlottert vor der gemeinen Burns-Bande, die gerade erst wieder eine ganze Familie auf einer einsam gelegenen Farm ausrottete. Der ambitionierte Captain Stanley und seine wenig zimperlichen Sicherheitskräfte sinnen auf Rache und greifen sich Mikey, das Nesthäkchen der Burns-Brüder. Der soll grausam zu Tode kommen, wenn nicht Charlie, der humanste der Burns-Brüder, auszieht und gegen eine Begnadigung höchstpersönlich seinen älteren Bruder, den Bandenchef Arthur, zur Strecke bringt.

In naher Zukunft beginnt eine insektenartige Alienrasse - die sogenannten Mimics, mit einer Invasion der Erde. Mit ihrer überlegenen Technologie zerstören die Mimics unerbittlich Städte und ganze Länder, das menschliche Militär ist so gut wie machtlos. Doch noch ist nicht alle Hoffnung verloren, denn die militärischen Kräfte der ganzen Welt haben sich verbündet, um in einer letzten Offensive gegen das übermächtige Alienheer in die Schlacht zu ziehen. In diesem gigantischen Selbstmordkommando findet sich auch der degradierte Lt. Col. Bill Cage wieder. Er stirbt während der Schlacht, aber unglaublicherweise erwacht er daraufhin wieder am Morgen desselben Tages.

Als der zunächst unscheinbar wirkende John die Bar betritt, ahnt der Barkeeper noch nicht, was nun auf ihn zukommt. John überredet ihn zu einer Wette und verspricht ihm, die außergewöhnlichste Geschichte auf Lager zu haben, die dem Barkeeper je zu Ohren gekommen ist. Der Wetteinsatz besteht aus einer Flasche Whiskey. Bereits bei den ersten Worten von John wird dem Barkeeper klar, das er verloren hat: "Als ich ein kleines Mädchen war..." Was nun folgt, ist die traumatische Geschichte von der Kindheit, Jugend und Erwachsenenzeit Johns als Jane, die nach einer Geschlechtsumwandlung zum verbitterten, einsamen John wurde. Der Barkeeper, der einst als Zeitreise Agent tätig war, bietet seinem Gegenüber an, den Menschen ungestraft zu töten, der sein Leben ruiniert hat.