Als Andys Lieblingspuppe hat Woody im Kinderzimmer das Sagen. Kaum ist der Junge nicht da, erwacht die Cowboy-Figur zum Leben, und mit ihm auch all das andere Spielzeug um ihn herum. Aufgeregt debattiert man über Andys bevorstehenden Geburtstag. Es wird befürchtet, daß ihr Besitzer ein neues Geschenk bevorzugen wird. Und tatsächlich: Der Neuankömmling Buzz Lightyear, ein stolzer Space Ranger, avanciert zu Andys Favoriten. Diese Herabstufung will Woody nicht hinnehmen.

In der Zukunft ist die Erde nach einer verheerenden Alien-Attacke nur noch ein toter Klumpen im Weltall. Ein Waisenjunge findet sich plötzlich in einem verrückten Abenteuer wieder, als er eine geheimnisvolle Karte findet, die zu einem Eisplaneten führen soll, wo ein geheimnisvoller Schatz schlummert, der die ganze Menschheit retten könnte.

Familie Little bekommt Zuwachs. Eigentlich wollten Mama und Papa ihrem Sohnemann im Waisenhaus ja ein Brüderchen besorgen, aber dann haben sie sich doch für Stuart, eine kleine Maus, entschieden, die schon sehr lange im Waisenhaus ist. Doch der kleine Neuling in der Familie wird nur von den beiden Erwachsenen akzeptiert, Sohn und Katze haben ihre Probleme mit der Gleichstellung eines sprechenden Nagetiers.

Der Mäuserich Stuart lebt immer noch glücklich bei der Familie Little. Neben der neun Monate alten Martha hat die Familie noch weiteren Zuwachs bekommen, nämlich die Vogeldame Margalo, die Stuart aus den Klauen eines Falken gerettet hat. Eines Tages aber verschwindet Margalo auf mysteriöse Weise, woraufhin der Nager sich auf die Suche nach ihr macht. Dabei muß er sich abenteuerlichen Herausforderungen stellen und lernt, wie wichtig Familie, Freundschaft und Vertrauen sind.

Die Brüder Ernest und Lars Smuntz erben von ihrem Vater eine Schnurfabrik und mit ihr auch noch eine Villa. Beides ist jedoch leider dermaßen heruntergekommen, dass das Erbe die Geldsorgen der beiden Brüder kaum lindert. Doch dann finden Ernie und Lars heraus, dass das Haus im 19. Jahrhundert von einem berühmten Architekten entworfen wurde und deshalb ein hübsches Sümmchen wert ist. Also soll die Villa zu Geld gemacht werden. Nur ein winziges Problem gilt es vor dem Verkauf noch zu lösen. Eine Maus hat sich im Haus eingenistet, in die muss weg. Doch leichter gesagt als getan. Der kleine Nager stellt sich nicht nur als ziemlich widerstandsfähig, sondern auch noch als äußerst intelligent heraus. Nach den ersten gescheiterten Versuchen, die Maus zu fangen, beauftragen Ernie und Lars den rabiaten Kammerjäger Cäsar. Der hinterlässt zwar Chaos und Verwüstung, doch auch er bringt es nicht fertig, dem hartnäckigen Hausbewohner den Garaus zu machen...