Als die beiden Chaoten Jay und Silent Bob erfahren, dass eine Verfilmung der "Bluntman und Chronic" Comics geplant ist, sind sie stinksauer. Schließlich dienten sie als Vorlage für die Comics, werden finanziell nicht an dem Film beteiligt und im Internet wird kräftig über ihre Figuren gelästert. Also machen sie sich auf nach Hollywood, um den Dreh des Films zu verhindern. Die Reise entpuppt sich als echte Odyssee, bei der sie viele alte Bekannte treffen...

In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation "Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran...