Die Fortsetzung des Films "Stargate" von 1994, beschreibt die weiteren Abenteuer des SGC (Stargate Command). Es stellt sich heraus, dass der Goa'uld Ra nur einer von vielen außerirdischen Herrschern war, der das Stargate zur Eroberung des Universum benutzte. Nach der vollständigen Entschlüsslung des Stargates, können nun Reisen ins ganze Universum unternommen werden. Das Militär sendet SG-Teams um diese neuen Welten zu erforschen, um neue Technologien zu entdecken und sich den Goa'uld zu stellen. Die Charakter Jack O'Neill and Daniel Jackson aus dem Film sind teil von SG-1. Begleitet werden sie von Sam Carter, einer Wissenschaftlerin, und Teal'c, einem Jaffa, der davon überzeugt ist, dass die Goa'uld keine Götter sind.

Die Science-Fiction-Serie spielt im Jahre 1999. Der Mond dient der Menschheit als Atommüll-Depot, in Mondbasen arbeiten Techniker und Wissenschaftler. John Koenig, Held der Serie, ist Kommandant der Basis "Alpha 1". Eines Tages kommt es auf dem Mond zur Katastrophe: Der Atommüll explodiert, und der Mond wird wie von einer riesigen Faust aus seiner Bahn geworfen. Hilflos treiben seine Bewohner mit ihm hinaus ins All ...

Die Crew der Enterprise wird nach Hause zurückbeordert, nur um festzustellen, dass eine unaufhaltsame Macht des Terrors aus den Reihen ihrer eigenen Organisation die Flotte und die Welt in einen Krisenzustand versetzt. Auch um eine persönliche Rechnung zu begleichen, macht sich Captain Kirk auf zu einer Jagd mitten in ein Kriegsgebiet, um eine Ein-Mann-Massenvernichtungswaffe zu finden und denjenigen, der sie einsetzen will. Unsere Helden sind dabei nur Figuren in einem epischen Schachspiel auf Leben und Tod. Liebe wird auf die Probe gestellt, Freundschaften werden zerrissen und Opfer müssen für Kirks letzte verbliebene Familie erbracht werden: Seine Mannschaft.

Nachdem Ellen Ripley, die kleine Newt, Soldat Hicks und der Android Bishop von LV 426 entkommen sind und sich mit dem Raumschiff USS Sulaco auf dem Rückweg zur Erde befinden, bricht wegen des säurehaltigen Blutes eines Facehuggers ("Gesichtsumklammerer") auf einem Zwischendeck ein Feuer aus. Eine Rettungskapsel wird abgesprengt und macht auf dem Planeten Fiorina "Fury" 161, auf dem sich nur eine Strafkolonie befindet, eine Bruchlandung. Corporal Hicks und Newt sterben bei dem Aufprall bzw. durch Ertrinken, der Android Bishop ist nicht mehr funktionsfähig. Neben Ripley überlebt die Landung nur ein Facehugger, der sich in einem Rottweiler schnell einen neuen Wirt sucht. Das kurz darauf neugeborene Alien beginnt bald die Strafgefangenen zu dezimieren.

An seinem 14. Geburtstag erfährt Will Stanton, dass er einer Gruppe von Auserwählten angehört, die ihr Leben dem Kampf gegen die Mächte der Finsternis verschrieben haben. Um sich auf seinen Kampf vorzubereiten, reist er durch die Zeit und findet dort zahlreiche Hinweise, die ihm helfen seine magischen Fähigkeiten zu verstehen und einzusetzen. Als eines Nachts ein fürchterlicher Schneesturm über sein Heimatdorf hereinbricht, setzen die Mächte der Finsternis zum finalen Schlag an und es ist nun an Will sie ein für alle Mal aufzuhalten...