Nachdem durch die randalierenden und genetisch veränderten Affen und den ausgebrochenen Virus die Weltbevölkerung drastisch reduziert wurde, versuchen einige wenige Überlebende ihr Dasein in San Francisco zu fristen. Aber auch bei den Affen ergeben sich Probleme. Der Anführer Caesar muss seine Machtposition in den eigenen Rängen behaupten. Mittlerweile hat er selbst eine Frau und ein Baby. Seinen Artgenossen hat er mittlerweile beigebracht, sich mithilfe einer Zeichenspracheuntereinander zu verständigen. Alles deutet darauf hin, dass der Waffenstillstand zwischen Affen und den überlebenden Menschen nicht von Dauer sein wird. Bald schon wird sich entscheiden, welche der beiden Spezies die Erde in Zukunft dominieren wird.

"The Prince" nannte man Paul einst, als er noch Auftragskiller bei der Mafia war. Doch dies ist lange her. Seit seinem als Ticket in die Freiheit geplanten, jedoch gescheiterten Bombenattentat auf seinen früheren Arbeitgeber, Mafiaboss Omar, bei dem nicht der Mafioso, sondern dessen Lebensgefährtin ums Leben kam, lebt Paul in der Versenkung. Zwanzig Jahre nach dem tragischen Mord an seiner Frau sieht Omar den Zeitpunkt für seine Rache gekommen: Um den ehemaligen Mitstreiter aus der Reserve zu locken, entführt der Gangster Pauls Tochter Beth. Doch der ehemalige Killer ist über die Jahre keineswegs eingerostet und hat immer noch Kontakte in die Unterwelt, die ihm wohlgesonnen sind, wie sein früherer Kumpel Sam, der ihn mit der für die Rettungsaktion notwendigen Feuerkraft ausrüstet. Schließlich kommt es zum alles entscheidenden Showdown zwischen dem Gangsterboss alter Schule und "The Prince".

Hinterdupfing - wie der Name schon verrät, ist in diesem Dorf nichts geboten. Jeder Tag gleicht dem anderen, die Gemeinde hängt weit zurück. Vereinzelt wird noch mit D-Mark gehandelt, Autos werden nicht benötigt, ja auch Smartphones findet man hier nicht. Ungewollt gestrandete Urlauber verdrehen der Dorfjugend den Kopf. Diese bricht auf in die Stadt und erlebt die Welt und will diese sofort ins heimatliche Hinterdupfing bringen. Daher locken sie mit mehr oder weniger unlauteren Mitteln weitere Touristen an, um die Dorfsituation aufzuwerten. Der Plan geht auf, Fremde kommen und gehen, das Geld fließt. Doch ist die kleine Gemeinde dem Aufschwung gewachsen?

Rayford Steele ist ein erfahrener Pilot, doch auch er kann die Maschine nicht mehr steuern, als es bei einem scheinbaren Routineflug zu ausgeprägten Turbulenzen kommt. Mit großer Not bekommt er das Flugzeug in den Griff, doch auf dem Boden ist derweil die Hölle losgebrochen: Ein infernalisches Erdbeben stürzt die Erde in Dunkelheit und die Menschen verfallen in grenzenlose Panik. Als sich die Lage beruhigt, realisieren sie, dass alle Gläubigen und Kinder verschwunden sind - auch Rayfords Ehefrau ist plötzlich weg, wie er von seiner Tochter mitgeteilt bekommt. Die Übriggebliebenen, die "Ungläubigen", verursachen derweil massives Chaos. Nun ist es an Rayford, den Kampf über den Wolken aufzunehmen und die Verantwortung für die Leben seiner vielen Passagiere zu übernehmen - und nicht nur für diese, denn bei den Vorgängen scheint eine höhere Macht im Spiel zu sein und der Pilot fürchtet um die Seelen aller übrigen Erdenbewohner.

Der fünfzehnjährige Ellis (Graham Phillips) ist ein vernünftiger und intelligenter Junge, der bei seiner Mutter Wendy (Vera Farmiga) und dem schrulligen Goat Man (David Duchovny) aufgewachsen ist. Nun soll er jedoch zu seinem leiblichen Vater Frank (Ty Burrell) an die Ostküste ziehen, um die Gates Academy zu besuchen. Damit kommen auf Ellis einschneidende Veränderungen zu, denn seit er ein kleines Kind war, hat er sämtliche Lebensweisen vom Goat Man gelernt. Dieser lebt im Pool-Haus der Mutter und kümmert sich um die Instandhaltung des Gartens, des Pools und um eine kleine Herde Ziegen. Als Ellis nun zum ersten Mal auf seinen Vater trifft, muss er feststellen, dass die gelernten Lebensansichten und Einflüsse des Goat Man in starkem Kontrast zu den an der Ostküste hochgehaltenen Wertevorstellungen stehen.