John Matrix, ehemailger Elitesoldat, hat sich zurückgezogen und lebt mit seiner Tochter in den Bergen. Doch eines Tages taucht General Kirby, sein ehemaliger Vorgesetzter, bei ihm auf, um ihn zu warnen: Irgendjemand hat es auf Johns ehemalige Einheit abgesehen, viele seiner ehemaligen Kameraden wurden bereits getötet. Wenig später erscheinen wirklich einige Männer, die John samt Tochter entführen, weil ein abgesetzter Diktator eines südamerikanischen Landes wieder an die Macht will, und John soll den aktuellen Präsidenten umbringen. Seine Tochter benutzen die Terroristen hierbei als Druckmittel, denn sollte der Präsident nicht getötet werden, werden sie seine Tochter ermorden.

Der Kinderpsychologe Dr. Malcolm Crowe feiert mit seiner Frau eine für ihn bedeutsame Auszeichnung. An diesem Abend wird er von Vincent Grey überrascht, einem ehemaligen Patienten, dem Crowe nicht helfen konnte. Sichtlich verzweifelt schießt er auf Dr. Crowe und begeht daraufhin Selbstmord.Im darauf folgenden Jahr betreut Dr. Crowe den neunjährigen Cole. Er erinnert ihn an seinen früheren Patienten Grey. Der Junge scheint von großen Ängsten geplagt, die er niemandem anvertraut. Von seinen Klassenkameraden wird er mit "Psycho" angesprochen und gemieden. Sogar sein Lehrer bezeichnet ihn nach einem Streit so. Coles Mutter ist verzweifelt, und Dr. Crowe scheint dem Jungen nicht helfen zu können. Nach und nach gewinnt er schließlich das Vertrauen des Jungen; Cole verrät ihm sein Geheimnis: "Ich sehe tote Menschen. Die sind wütend. Die wissen nicht, dass sie tot sind." Zunächst glaubt Dr. Crowe ihm nicht.

Weil der Kalte Krieg zu Ende ist werden weltweit Atomraketen abgebaut und vernichtet. Bei einem Transport aus dem Ural verschwinden zehn dieser Waffen, genauergesagt zehn SS-18 Atomraketen. George Clooney und Nicole Kidman - wohlgemerkt zwei Amerikaner - sollen nun diese Waffen nun wieder finden.

Ein erfolgloser Puppenspieler nimmt auf Drängen seiner etwas übertrieben tierlieben Frau einen Job bei einer skurrilen Firma im Zwischenstockwerk eines Bürogebäudes an. Eines Tages entdeckt er hinter einem Aktenschrank eine Pforte, die ihn als er hindurchkriecht direkt in den Kopf des Schauspielers John Malkovich befördert, wo er für fünfzehn Minuten durch dessen Augen sehen kann, ehe er aus dem Nichts über der Böschung einer Autobahnauffahrt wieder auftaucht. Während seine Frau von dem Erlebnis eher sexuell erregt wird, macht der Puppenspieler mit seiner Vorgesetzten ein Geschäft aus dem Fund, denn es gibt viele Menschen, die gerne für eine Viertelstunde mal John Malkovich sein wollen.

John Sheridan der Oberbefehlshaber der Station wird von Alpträumen heimgesucht