Nach seinem Aufeinandertreffen mit den Avengers ist Peter Parker alias Spider-Man wieder zurück in New York, wo er bei seiner Tante May wohnt. Seitdem er mit bzw. gegen die anderen Helden kämpfte, fragt er sich, ob er mit seinen herausragenden Fähigkeiten nicht mehr machen sollte, als nur die freundliche Spinne aus der Nachbarschaft zu sein, die den einen oder anderen Einbruch verhindert und Taschendiebe stoppt. Doch daneben muss der von seinem neuen Mentor Tony Stark geförderte Jugendliche auch noch den Alltag auf die Reihe bekommen, den Alltag als Teenager an einer Highschool, wo er sich in Liz verguckt hat. Blöd, dass ausgerechnet in dieser Situation ein Bösewicht für Unruhe sorgt, der technisch bestens ausgestattet ist und von Rachedurst getrieben: der Vogelmann Vulture ...

Eigentlich könnte alles wunderbar laufen für Peter Parker, seit er seiner Freundin Mary Jane Watson seine Geheimidentität "Spiderman" offenbart hat. Doch am Horizont zeigen sich bald neue dunkle Wolken, als der Ausbrecher Flint Marko durch einen Unfall in den geheimnisvollen "Sandman" verwandelt wird, einen Mutanten, der seine Moleküle verändern kann. Peter ist bald persönlich betroffen, denn offenbar hat Marko etwas mit dem Mord an seinem Onkel zu tun. Doch es zeigt sich neues Unheil: eine außerirdische schwarze Substanz ergreift von Peter Besitz, die seine dunkle, machtstrebende Seite zum Vorschein bringt.

Zwei Jahre sind inzwischen vergangen, als Peter Parker von einer genmutierten Spinne gebissen wurde und sein Leben sich radikal verändert hat. Bei der Verbrechensbekämpferei lässt er sein College-Studium schleifen und verspätet sich permanent bei seinen beiden Jobs. Zu allem Überfluss muss Peter mit ansehen, wie Mary Jane im Gegensatz zu ihm ihr Leben meistert. Nun allerdings streckt ein neuer Bösewicht namens Dr. Octavius seine metallischen Tentakel nach der Zivilisation aus. Mit ihm ist nicht zu spaßen..

Peter Parker ist nicht gerade angesehen an seiner Uni, denn er ist schmächtig und ungeschickt, was seine Chancen beim Mädchen seiner Träume, Mary Jane nicht gerade erhöht. Als er eines Tages jedoch von einer genmanipulierten Spinne gebissen wird, wacht er am nächsten Morgen auf und findet seine Sinne geschärft vor und entwickelt auch weitere übermenschliche, aber sehr spinnenähnliche Fähigkeiten. Nachdem er damit zunächst sein Traummädchen beeindruckt hat, wächst er schon bald zu dem maskierten Helden Spider-Man heran, spätestens als ein Superschurke namens Grüner Kobold, der die Mr.Hyde-Variante des Wissenschaftlers Norman Osborn ist, die Stadt bedroht...

Für Peter Parker bedeutet das Leben aktuell vor allem eines: Stress! Auf der einen Seite fühlt er sich aufgrund seiner übermenschlichen Fähigkeiten dazu verpflichtet, als Spider-Man die Bevölkerung New Yorks zu beschützen. Auf der anderen Seite hat er aber auch ganz alltägliche Pflichten, die eines jungen Mannes eben. Daher sehnt Peter seinen Highschool-Abschluss herbei, um endlich eine Verpflichtung weniger und damit mehr Zeit für die Verbrechungsbekämpfung zu haben - und für Freundin Gwen Stacy. Dann taucht plötzlich eine ganz neue Bedrohung auf: Electro, dessen Fähigkeiten denen Peters weit überlegen sind. Doch als auch noch Peters alter Freund und OsCorp-Erbe Harry Osborn zurückkehrt, merkt der junge Held schnell, dass die größte Bedrohung ganz woanders liegt...