Wir schreiben das späte 21. Jahrhundert. Überall auf der Welt wurden bei den unterschiedlichsten uralten Kulturen, wie den Azteken oder Mesopotamiern, Zeichnungen gefunden, die auf eine Art Sternenkarte hinweisen. Eine Gruppe von Wissenschaftlern unter Leitung von Dr. Elizabeth Shaw soll im Auftrag des Weyland-Konzerns, gegründet vom Visionär Peter Weyland, diesen Zeichen nachgehen, die Shaw als eine Art Einladung deutet. Die Mission, die von Meredith Vickers für den Weyland-Konzern organisiert und überwacht wird, führt das Team und die Crew von Captain Janek an den Rand des Universums und in eine Welt jenseits der Vorstellungskraft. Was sie schließlich finden, ist nicht nur die mögliche Wiege der Menschheit, sondern auch der wahrscheinliche Untergang der menschlichen Rasse.

Nachdem ihm sein Vater Henry 1967 verboten hatte, zu einem Konzert von Grateful Dead zu gehen, packte Gabriel Sawyer seine Sachen und floh von zu Hause. Erst 20 Jahre später müssen Henry und seine Frau Helen erfahren, dass bei ihrem Sohn ein Gehirntumor diagnostiziert worden ist. Trotz gelungener Operation sind jedoch noch Teile des lymbischen Systems beschädigt, weshalb es Gabriel schwer fällt zwischen Vergangenheit und Gegenwart zu unterscheiden. Die Kommunikation zwischen den Eltern und ihrem verlorenen Sohn gestaltet sich zunehmend schwieriger. Henry liegt nichts mehr daran, als wieder eine Vater-Sohn Beziehung herzustellen und beginnt mit der Suche nach einer effektiven Therapie - bis er auf die Musiktherapeutin Dr. Dianna Daly trifft, die mit ihren innovativen Methoden bereits einige Erfolge vorzuweisen hat und dem verzweifelten Ehepaar neue Hoffnung gibt.

Als er acht Jahre alt ist, passiert es zum ersten Mal: Der kleine James van Praagh wird von seltsamen Stimmen und Gestalten heimgesucht. Er sieht Unfälle voraus, wird mit Geisterwesen konfrontiert und hat mystische Einsichten. Während seine Mutter diese Visionen als Gabe erkennt, wird James von seinen Mitschülern und selbst von seinem Vater Allan als Verrückter abgestempelt und gemieden. Deshalb versucht der Junge alles, um den Draht zur Totenwelt zu kappen und seine Gabe zu verdängen, was ihm mit der Zeit tatsächlich gelingt.

Fort Casey, ein abgelegener Außenposten der Föderation, wird von den Bugs angegriffen. Das Team des Angriffsschiffs Alesia wird abkommandiert, um das dort stationierte Starship John A. Warden zu unterstützen und bei der Evakuierung von Fort Casey zu helfen. Carl Jenkins, der für das Ministerium für paranormale Kriegsführung arbeitet, begibt sich aber noch vor dem Zusammenkunft der beiden Raumschiffe mit der Warden auf eine geheime Mission und wird seitdem vermisst. Die kampferprobten Trooper sind nun mit einer Rettungsmission konfrontiert, die weit düsterere Konsequenzen haben könnte, als sie sich je vorstellen konnten.

Als ein Objekt, das wie ein Satellit aussieht, auf die Erde stürzt, verkaufen die Brüder Jake (Kavan Smith) und Ethan (Colby Johannson) es an einen Schrotthändler. Der baut bereits seit längerem an einer großen Metallfigur für eine Parade und möchte die Teile des ominösen Objekts für den Bau desselben verwenden. Doch in Wirklichkeit befindet sich außerirdisches Leben an Bord und kann die sechs Meter große Figur zum Leben erwecken. Das Monster macht sich auf, alles zu zerstören, was ihm ins Sichtfeld kommt. Doch ein paar Menschen stellen sich ihm entgegen...