Nach dem Tod des Staatsanwalts Harvey Dent alias Two-Face nahm Batman die Schuld von dessen Verbrechen auf sich, um seinen Ruf zu schützen. Daher wurde er von dem Gotham City Police Department gejagt und verließ die Stadt. Die Handlung des Films setzt acht Jahre nach den Ereignissen von The Dark Knight ein. Nachdem der bemerkbar gealterte Batman nach Gotham zurückkehrt, muss er die Wahrheit der geheimnisvollen Selina Kyle herausfinden und den Schurken Bane davon abhalten, Gotham zu zerstören

Als ihre Liebesaffäre mit einem wollüstigen Marquis eine plötzliche Wende nimmt, schmiedet eine wohlhabende Witwe bittere Rache - mithilfe einer jüngeren Frau.

Turbulenzen in Gotham City und im Hause Wayne. Zwei neue Superverbrecher, der rachsüchtige Wissenschaftler Mr. Freeze und die giftige Ökoamazone Poison Ivy, haben den Ring betreten. Außerdem macht sich Nachwuchs in der Batcave breit: Barbara Wilson, Alfreds liebe Nichte, begehrt mit Vehemenz Einlaß und ihre umgehende Beförderung zum Batgirl. Als Mr. Freeze auf Anraten von Ivy damit beginnt, die komplette Stadt einzufrieren, sind Eile und Teamwork geboten.

In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation "Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran...

Mary Poppins kehrt in das Haus der Familie Banks zurück, um der nächsten Banks-Generation nach einem tragischen Verlust wieder Freude und Heiterkeit zu bringen.