Während eines Treffens wird der Vorsitzende der geheimen Diebesgilde "The Works" umgebracht und das unbezahlbare Collier von Kleopatra geklaut. Meisterdieb Lupin schwört daraufhin, den Mord an seinem einstigen Mentor zu rächen und das wertvolle Halsband zurückzustehlen. Unterstützt wird er dabei vom schwertschwingenden Samurai Goemon, dem schweigsamen Meisterschützen Jigen und der unberechenbaren Femme fatale Fujiko. Auf der weltumspannenden Suche nach den Drahtziehern und dem Schmuckstück dicht auf Lupins Fersen: Inspektor Zenigata, der davon besessen ist, Lupin endlich zur Strecke zu bringen!

Seit Jahren schon tobt der Krieg gegen die außerirdischen Gamilon und fordert hohe Verluste. Die Erdatmosphäre ist nach Meteor-Bombardements radioaktiv verseucht, die wenigen Überlebenden vegetieren in unterirdischen Bunker-Städten vor sich hin. Das Ende der Menschheit steht kurz bevor, als unerwartet eine Nachricht der Iscandarier die Erde erreicht. Die Erzfeinde der Gamilon verfügen über die nötige Technologie, um unseren Planeten wieder bewohnbar zu machen! Das letzte übrig gebliebene Kampfschiff Yamato macht sich auf den gefährlichen Weg nach Iscandar. Wird sich die Yamato gegen die übermächtige Gamilon-Flotte behaupten können und ihr Ziel erreichen?