Seit dem einige Zeit zurückliegenden Selbstmord seines Bruders, haben sich die Familienverhältnisse für den jungen Tyler enorm verändert. Während Tyler selbst sich die Schuld gibt und sich in seinem Schmerz vergräbt, vernachlässigt Vater Charles owohl ihn als auch Tylers kleine Schwester Caroline emotional.Als Tyler mit seinem Kommilitonen Aidan in eine Schlägerei gerät, gibt er sich als Auslöser zu erkennen und wird verhaftet, wobei der ermittelnde Beamte Neil ziemlich derb mit ihm umspringt. Als Tyler einige Zeit später Neils Tochter Ally in einer Vorlesung trifft, ist er auf einen kleinen Racheplan aus, bei dem sich Ally in ihn verlieben soll, um dann fallen gelassen zu werden. Doch Tyler verliebt sich wirklich in das Mädchen, daß ihrerseits ein schreckliches Trauma zu verarbeiten hat...

1954 soll der U.S. Marshall Teddy Daniels das Verschwinden eines Patienten aus dem Bostoner Shutter Island Ashecliffe Hospital aufklären. Er hat sich aus persönlichen Gründen um diesen Auftrag bemüht, aber schon bald muss er sich fragen, ob er nicht durch die Ärzte manipuliert wurde, deren Methoden von unethisch über illegal bis skrupellos gehen. Teddys scharfsinnige Ermittlungsmethoden führen rasch zu einer vielversprechenden Spur, aber das Hospital verweigert ihm Zugriff auf Informationen, die den Fall erhellen könnten. Als ein Hurrikan die Verbindung zum Festland unterbricht, "entkommen" weitere gefährliche Kriminelle in dem Chaos und die verwirrenden Hinweise mehren sich, so dass Teddy an allem zu zweifeln beginnt - seinem Gedächtnis, seinem Partner und sogar seinem eigenen Verstand.