Nachdem Jason Bourne in den vorangegangenen drei Teilen nicht nur sein Gedächtnis, sondern auch seine Freundin verloren hat und einen eigenen Feldzug gegen die ihn jagende CIA antrat, um endlich hinter das Geheimnis seiner Vergangenheit zu gelangen, ist er mithilfe von Nicki Parsons untergetaucht. Doch das Leben eines auf der Flucht lebenden Agenten mit besonders modifizierten Fähigkeiten kann nie lange ruhig bleiben. Denn inzwischen weiß Jason Bourne zwar, wer er ist, aber nicht, was diejenigen, die ihn erschaffen hatten, mit ihm vorhatten. Also versucht er - verfolgt von der CIA - die versteckten Wahrheiten in seiner Vergangenheit zu finden.

Top-Agent Peter Devereaux, Code-Name "November Man", hat sich nach seinem letzten Fall in den verdienten Ruhestand in die Schweiz begeben. Doch das Idyll währt nicht lange: Peters ehemaliger Chef beordert seinen besten Mann zurück in den Dienst, denn wie es scheint, wurde der CIA von einem Maulwurf infiltriert. Peter soll die Zeugin Alice Fournier beschützen und den Komplott aufdecken, dessen Zielscheibe auch sein eigenes Leben ist - ein Killer wurde auf den Agenten angesetzt. Als Peter entdeckt, dass auch sein ehemaliger Schützling David Mason in die Affäre verwickelt zu sein scheint und womöglich dem russischen Geheimdienst angehört, gibt es für den Spion kaum noch Anhaltspunkte, wem er trauen kann und wem nicht: Er muss auf eigene Faust ermitteln.