Seit der ersten Stargate-Mission ist mehr als ein Jahr vergangen. Als feindlich gesinnte Außerirdische unerwartet durch das Sternentor in die Militärbasis dringen, wird das streng geheime Stargate-Programm reaktiviert. Col. O'Neill und sein neu zusammengestelltes Team sollen herausfinden, was hinter dem Angriff steckt. Schon bald müssen sie erfahren, dass weitaus mehr Tore existieren und dass im Universum Gefahren lauern, die jede Vorstellung übersteigen.

In einer Welt, in der die Menschen die Götter in die Unterwelt verbannt haben, begibt sich der namenlose Held 'Hero' auf die Suche nach seiner Vergangenheit, die womöglich mehr mit der Sphäre des Göttlichen zu tun hat, als ihm lieb ist. Er macht sich auf, um das Orakel von Gaia aus der Höhle eines Zyklopen zu retten, damit sie die Rätsel um seine Existenz beantworten kann. Mit dem Ziel, Unsterblichkeit zu erlangen und somit selbst zum Gott zu werden, besteht er mit seinen Mitstreitern gefährliche Abenteuer, bei denen er auf hinterlistige Götter und verführerische Nymphen trifft.

Nate Norman, ein achtzehnjähriger Schulabbrecher, mit seinem Freund Topher einen äußerst lukrativen Drogenring an der kanadischen Grenze. Das ausschweifende Leben, das der Drogenhandel mit sich bringt, steigt Nate aber bald zu Kopf.

Die Fortsetzung des Films "Stargate" von 1994, beschreibt die weiteren Abenteuer des SGC (Stargate Command). Es stellt sich heraus, dass der Goa'uld Ra nur einer von vielen außerirdischen Herrschern war, der das Stargate zur Eroberung des Universum benutzte. Nach der vollständigen Entschlüsslung des Stargates, können nun Reisen ins ganze Universum unternommen werden. Das Militär sendet SG-Teams um diese neuen Welten zu erforschen, um neue Technologien zu entdecken und sich den Goa'uld zu stellen. Die Charakter Jack O'Neill and Daniel Jackson aus dem Film sind teil von SG-1. Begleitet werden sie von Sam Carter, einer Wissenschaftlerin, und Teal'c, einem Jaffa, der davon überzeugt ist, dass die Goa'uld keine Götter sind.

SG-1 soll der Hinrichtung von Ba'al, dem letzten Systemlord, beiwohnen. Während das Team auf die Exekution wartet, verschwinden Teal'c und Vala plötzlich ins Nichts. Als Mitchell, Carter und Daniel zur Erde zurückkehren, erwartet sie eine böse Überraschung: Etwas Unerklärliches hat den Zeitverlauf verändert und somit auch die Gegenwart - das Stargateprogramm hat nie existiert! Unmittelbar darauf schwenken etliche Mutterschiffe der Goa'uld in die Erdumlaufbahn ein. Angeführt wird die mächtige Flotte von Ba'al, seiner Königin Qetesh (Vala) und Primus Teal'c mit dem Ziel, die Menschen zu versklaven. Es gibt nur eine Chance, die Erde zu retten: eine Korrektur des Zeitverlaufs. Doch dafür muss das verbliebene SG-1-Team das Stargate finden - und die Zeit wird knapp.