Zwischen den Separatisten und der galaktischen Republik entflammen die Klonkriege. Als Jabba the Hutts Sohn von einer unbekannten Gruppe Abtrünniger entführt wird, sollen die Jedi-Ritter Anakin Skywalker und Obi-Wan Kenobi ihr Versteck suchen und herausfinden, wer die Hintermänner sind. Yoda stellt Anakin den aufstrebenden Schüler Ahsoka Tano zur Seite. Asajj Ventress, Count Dooku und die Sith wollen indes einen neuen Krieg anzetteln.

Nachdem Smaug besiegt wurde, sitzt Thorin endlich auf dem Zwergenthron und hat sein Reich wieder. Doch der Kampf gegen den Drachen hat Spuren hinterlassen. Die Stadt Esgaroth wurde zerstört, ihre Bewohner sind nun obdachlos. Doch Thorin verweigert jede Hilfe genauso wie die Rückgabe von Teilen des Schatzes, die Smaug gestohlen hatte. Hobbit Bilbo versucht zwischen Zwergen, Elben und den Bürgern zu vermitteln, doch vergeblich. Thorin hält ihn für einen Verräter und auch Gandalf kann nichts mehr ausrichten. Es wird aufgerüstet und bald stehen sich die Armeen gegenüber...

Nach drei Jahren nähern sich die Klonkriege endlich dem Ende. Um die Separatisten endgültig zu besiegen, soll Obi-Wan Kenobi ihren Anführer General Grevious und Count Dooku ihrer gerechten Strafe zuführen. Zur Beunruhigung der schwangeren Padme nutzt daheim der endgültig vom Bösen korrumpierte Kanzler Palpatine die Gelegenheit, um den jungen Anakin Skywalker mit Versprechungen von unbegrenzter Macht auf die dunkle Seite zu ziehen. Ratlos und hin- und hergerissen wem er dienen soll, erliegt er geblendet von deren Machtverheißungen, den Versuchungen der dunklen Seite, schwört dem bösen Darth Sidious die Treue und nimmt die Identität von Darth Vader an. Die Sith-Lords beginnen zusammen einen Rachefeldzug, der in der Ermordung der Jedi seinen Anfang nimmt...

Der junge Jedi-Schüler Anakin Skywalker beginnt sich allmählich zu einem grossen und ernstzunehmenden Jediritter zu entwickeln, der unter der Führung von Obi Wan-Kenobi steht. Jedoch hat er auch seine Problemzonen - diese bestehen aus der eigenen Arroganz, seiner nicht wissentlich vorhandenen grenzenlosen Macht, und der ihm verbotenen Liebe zu Königin Amidala. Auf diese werden kurz vor wichtigen Entscheidungen im Senat der Republik mehrere Attentate verübt, die jedoch vereitelt werden können. Daraufhin teilen sich Anakin und Obi-Wan auf: während Anakin auf Amidala aufpaßt, verfolgt Kenobi den Attentäter Jango Fett. Er kommt einer erschaffenen Klon-Armee auf die Spur, die mittels mysteriösem Auftrag geschaffen wurde und findet in dem ehemaligen Jedi Count Dooku einen neuen Gegner für die Hüter der Macht...