Nachdem ein Serienkiller die Frau und die Tochter eines Forschers für paranormale Phänomene umgebracht hat, versucht ein Team von Geisterjägern, die Seelen der gewaltsam zu Tode gekommenen aufzuspüren und ihnen den Weg ins Jenseits zu ebnen. Hierzu begibt sich das Team in das abgelegene Haus des Serienkillers, in dem er seit fürchterliches Handwerk verrichtet hat. Doch schnell wird klar, dass in dem Haus vielmehr verlorene Seelen auf Ihre Rettung warten, und die wenigsten von ihnen sind den "Eindringlingen" freundlich gesonnen...

Der Mega Shark kehrt nach seinen Kämpfen gegen den riesigen Octopus und den Crocosaurus erneut zurück. Als er dieses mal wieder die Weltmeere unsicher macht und einen gigantischen Schaden vor der Küste Ägyptens anrichtet, hat dies weltweite Börsencrashs und Panik zur Folge. Doch die Navy hat aus den ersten Mega-Shark-Vorfällen gelernt und ist nun besser auf die Situation vorbereitet: Sie haben bereits ein spezielles U-Boot entwickelt, dass der Gestalt eines Hais ähnelt. Die Militärwissenschaftlerin Rosie will damit dem gigantischen Haifisch gegenübertreten und ihn besiegen. Jedoch konnte Rosie viele der Schwächen der neuartigen Maschine noch nicht rechtzeitig ausmerzen und der Mega Shark macht sich diese schon bald zu Nutzen.